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Bohrio
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5 Messaggi |
 Inserito il - 10 ottobre 2012 : 11:29:08
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Ciao a tutti,
sto facendo una ricerca sull'effetto che alcune mutazioni hanno sulla struttura di una proteina. In particolare vorrei trovare un software che mi permetta di avere informazioni su come varia la struttura della proteina ogni volta che cambio un aa, magari attraverso uno score.
Ho provato già diversi software come rasmol (ma non mi dà le informazioni che cerco), PolyPhen2 che attraverso uno score mi dà una predizione dell'effetto della mutazione sulla proteina (ma so che non è molto affidabile) e DeepView che mi permette di cambiare gli aminoacidi, ma non ho capito come e soprattutto dove, trovare le informazioni sull'effetto di questa mutazione. Voi sapete dirmi qualcosa in più? conoscete altri software, possibilmente free, che mi permettano di ottenere queste informazioni?
Grazie a tutti
fivery
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
Inserito il - 10 ottobre 2012 : 11:38:38
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Di tools ce ne sono, ma il loro impiego (e il relativo sbattimento) dipende da cosa stai cercando...
Che indicazioni dovrebbe darti lo score? Una stima dell'energia di binding? Come varia l'energia del sistema? Come varia la mobilità della proteina? Perturba gli elementi di struttura secondaria?
Es.: l'analisi dei rotameri con PyMol ti dà una stima preliminare della conformazione più probabile del residuo mutato, minimizzando i clash e ottimizzando le interazioni di non legame. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Bohrio
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 10 ottobre 2012 : 12:07:34
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Grazie kORdA per avermi risposto così celermente,
ti spiego, la mia proteina è un enzima e le mutazioni che vorrei studiare, pur non essendo vicinissime al sito attivo mi determinano una scarsa attività, quindi sto cercando di capire che effetto potrebbero avere sulla struttura proteica. PolyPhen2 mi dava uno score riguardo la predizione dell'effetto che queste hanno sulla struttura secondaria, ma non tiene conto della vicinanza con il sito attivo, io invece vorrei trovare un software che fosse più informativo riguardo la vicinanza con il sito attivo e l'effetto della mutazione sull'attività. Quindi Sicuramente mi interesserebbe sapere come varia la struttura secondaria e l'energia del sistema, ma più informazioni riesco a trarre da un software e meglio è. In più mi piacerebbe paragonarla con la struttura wild-type.
Grazie |
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Bohrio
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 10 ottobre 2012 : 12:17:08
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| Scusami ma è la prima vola che mi cimento con questi studi.. |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 10 ottobre 2012 : 15:50:45
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PolyPhen non lo conoscevo ma direi che è un tool carino. Ovviamente in questo caso si parla di SNPs, se introduco io una mutazione voluta (es. faccio una Ala scanning) questo tool non funziona più.
Per quanto riguarda la vicinanza con il sito attivo potresti misurare la distanza ma tieni conto che ci sono numerosi casi di cambiamenti che coinvolgono interazioni long-range. In definitiva, che il residuo sia vicino o lontano poco conta, quello che importa è capire se il tuo amminoacido mappa lungo un pathway allosterico. In questo caso occorre fare delle simulazioni e qui ci si può sbizzarrire sull'approccio, a seconda se vuoi indagare gli aspetti dinamici o quelli energetici della tua proteina. Come prima cosa da una simulazione ti consiglio di confrontare le RMSF e i profili DSSP tra la forma wildtype e quella mutata. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Bohrio
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2012 : 14:16:41
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Ciao kORdA,
intanto complimenti per la tua cultura in merito, io mi sto cimentando da poco con questi software e ho ancora molta confusione. Proprio per questo vorrei farti due domande:1)sto usando il software pdbViewer che mi permette di effettuare l'allineamento tra la proteina wt e quella mutata, in più mi permette di calcolare RMS. Mi sapresti dire che differenza c'è tra RMSD (che mi calcola il software) e l'RMSF che mi hai consigliato tu (e di cui non c'è traccia nel software)? 2)il calcolo del DSSP non posso farlo con il software che sto utilizzando. tu ne conosci qualcuno?
Infine, sai se su internet esiste qualche linea guida o qualche manuale per questi studi bioinformatici sulla conformazione delle proteine?
Grazie mille per tutti i tuoi consigli
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 15 ottobre 2012 : 16:44:43
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scusa in anticipo la risposta stringata ma sono un po' preso in questo periodo, comunque:
La RMSD (Root Mean Square Deviation) indica il grado di sovrapposizione tra due strutture, tipicamente si calcola contro gli atomi del backbone perchè sovrapporre anche le catene laterali degli amminoacidi ha poco senso (a meno di non avere evidenze robuste sul displacing delle posizioni atomiche di un particolare gruppo di residui).
La RMSF (Root Mean Square Fluctuation) si usa nelle simulazioni, e indica grosso modo il grado di mobilità della struttura rispetto ad una conformazione media. Sarebbe da un punto di vista computazionale analogo ai B-factor di una struttura cristallografica sperimentale. Non puoi calcolarlo senza aver fatto una simulazione (vedi ad es. GROMACS e il relativo sito x manuali e tutorial, per avere una idea di come e cosa ci vuole per fare una simulazione)
Per quanto riguarda DSSP credo che distribuiscono il software standalone qui http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ |
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Bohrio
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5 Messaggi |
 Inserito il - 16 ottobre 2012 : 13:48:09
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 Scritto da MolecularLab Mobile
sei un genio! grazie x tutte queste dritte!ne farò tesoro,mi metto subito al lavoro! |
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nemoz18
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8 Messaggi |
Inserito il - 19 ottobre 2012 : 10:27:57
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Ciao a tutti!
avendo la sequenza di questo recettore: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/50978988
come faccio ad evidenziare la ECD? la parte extracellulare?
una volta ottenuta ci sono programmi di predizione della struttura secondaria?
grazie a tutti!
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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