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silvana90
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 Inserito il - 14 maggio 2013 : 15:26:49
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Salve. Non mi è chiaro come si effettuano le ricerche per singola sequenza. Devo ricercare la sequenza della proteina miostatina nel topo e poi verificare se esistono sequenze simili alla miostatina in Drosophila; e descrivere come funzionano le ricerche per singola sequenza.
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kORdA
Utente Attivo
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silvana90
Nuovo Arrivato
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Inserito il - 14 maggio 2013 : 16:20:46
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l'esercizio richiede oltre a ricercare la sequenza in topo e poi confrontarla con blast (come già fatto), il punto che non mi è chiaro è proprio quando dice "descrivere come funzionano le ricerche per singola sequenza", io l'ho intesa cosi:...cioè ricercare la proteina richiesta su una banca dati e poi verificarne le similarità. Però non sono sicura che sia questo il vero "significato" del terzo punto dell'esercizio. :/ |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 14 maggio 2013 : 16:50:44
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| Forse spiegare in soldoni come funziona un algoritmo di allineamento a coppie? Forse è questo ciò che tu intendi per "ricerca per sequenza singola"? L'esercizio che tu menzioni è inerente a quale corso specifico del tuo CdL? |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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silvana90
Nuovo Arrivato
106 Messaggi |
Inserito il - 14 maggio 2013 : 18:28:14
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E' inerente al corso di Abilità informatiche e telematiche. Abbiamo trattato:
- Le Banche Dati biologiche;
- recupero dell’informazione delle Banche Dati biologiche: Entrez ed SRS;
- Ricerca in banche dati con singola sequenza;
- Test Statistici: Chi-quadro e Test t di student;
- Analisi esplorativa dei dati: forma della distribuzione, istogrammi, boxplot, scatterplot.
Il corso è da 3 CFU. |
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silvana90
Nuovo Arrivato
106 Messaggi |
Inserito il - 14 maggio 2013 : 18:30:57
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| ...ed il mio cdl è biotecnologie... |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 15 maggio 2013 : 09:16:44
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Beh, allora l'argomento dovrebbe essere già stato ampiamente discusso, anche se mi troverei in difficoltà a parlare per ore su un topic minimale come "Ricerca in banche dati con singola sequenza".
Se non sai dove sbattere la testa attieniti a quanto spiegato a lezione, anche perchè da quanto ho capito non vi è stato spiegato come funziona un algoritmo di allineamento (cosa che personalmente troverei un po' imbarazzante per la formazione di un biotecnologo anche fosse solo sperimentale). |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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silvana90
Nuovo Arrivato
106 Messaggi |
Inserito il - 15 maggio 2013 : 16:33:41
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Il prof ha spiegato come viene rivercata una proteina in NCBI, ottenerla in formato FASTA e poi copiare e incollare la sequenza in Blast, selezionando l'organismo con la quale confrontare le similarità, come del resto è spiegato anche nella sezione Bioinformatica della didattica in questo sito. Poi tutta la parte di Bioinformatica è trattata in maniera molto superficiale in questo corso, essendo una idoneità ed è durato 24 ore tutto il corso. Tali argomento verrano trattati approfonditamente nel corso di BIOLOGIA MOLEOLARE & BIOINFORMATICA che è da 10 CFU.
Inoltre, durante il corso, sono stati spiegati gli algoritmo FASTA e BLAST. Io quel punto dell'esercizio l'ho inteso come la ricerca di una proteina in banca dati e poi confrontata utilizzando gli algoritmi appositi, spiegando come è stata effettuata. |
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Ricerca per singola sequenza
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