Forum

Nome Utente:
Password:
Riconoscimi automaticamente
 Tutti i Forum
 MolecularLab
 Bioinformatica
 BLAST o TBLASTN?
 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
I seguenti utenti stanno leggendo questo Forum Qui c'è:

Aggiungi Tag Aggiungi i tag

Quanto è utile/interessante questa discussione:

Autore Discussione  

ManuBeasy
Nuovo Arrivato



18 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2014 : 11:16:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ManuBeasy Invia a ManuBeasy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti. Cerco di esporre il problema.
In un'esperienza di laboratorio abbiamo studiato la curva di crescita di Pseudoalteromonas haloplanktistac125 in un terreno standard + un diverso amminoacido per ogni coltura.
L'obiettivo è studiare la curva di crescita, il catabolismo dell'aa (grazie all'ausilio della piattaforma MaGe, che consente di osservare se gli enzimi necessari per il catabolismo siano stati realmente annotati o meno) e l'uptake. Per l'uptake non è stata caratterizzata in tac125 la proteina adibita all'uptake.
Quindi ho pensato di andare di BLAST (mai usato). Ho fatto una prova ed ho pescato Glutamate/aspartate transport ATP-binding protein GltL di E.Coli O157 su uniprot, preso la sequenza ed ho fatto un normale BLAST (blastn) contro il genoma di TAC125. Ha riscontrato un'identità dell'86%, max score 3181 ed E.Value 0.0

Un simile risultato dovrebbe essere accettabile e da considerarsi "buono" oppure occorre fare un tblastn? Il secondo fornisce risultati diversi...

domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2014 : 12:14:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:

ho fatto un normale BLAST (blastn) contro il genoma di TAC125. Ha riscontrato un'identità dell'86%, max score 3181 ed E.Value 0.0


significa che hai pescato il gene omologo.
Citazione:

oppure occorre fare un tblastn? Il secondo fornisce risultati diversi...


tecnicamente è una ricerca diversa. Hai tradotto tutti i possibili frame del tuo gene e hai cercato le 6 proteine in TAC125. Se però hai il codone di start puoi tradurre la proteina col frame del codone di start e blastare quella, dovrebbe trovarti la proteina omologa che dovrebbe essere la stessa...

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
Torna all'inizio della Pagina

ManuBeasy
Nuovo Arrivato



18 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2014 : 16:23:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ManuBeasy Invia a ManuBeasy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sì sapevo cosa fosse un tblastn ma diciamo che mi pesca un risultato diverso con omologie piuttosto basse.

BLASTN




TBLASTN

Torna all'inizio della Pagina

domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi

Inserito il - 05 febbraio 2014 : 20:44:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Aspetta, c'è decisamente qualcosa che non quadra!!!
La prima volta hai blastato una cosa di più di 5 milioni di basi?!?!?!?!?
Hai chiesto di cercare un genoma in un altro genoma...non ha senso!!! Io avevo capito che avevi cercato un gene!
Dai un occhio qui:
http://www.molecularlab.it/bioinformatica/similarita_banche_dati.asp#sthash.LVe41lRB.dpbs

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
Torna all'inizio della Pagina

ManuBeasy
Nuovo Arrivato



18 Messaggi

Inserito il - 06 febbraio 2014 : 11:42:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ManuBeasy Invia a ManuBeasy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ok mi sa che ho fatto un po di confusione con gli ID. Riprovo a fare il BLASTp della proteina e vediamo che succede....
Torna all'inizio della Pagina

ManuBeasy
Nuovo Arrivato



18 Messaggi

Inserito il - 06 febbraio 2014 : 11:49:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ManuBeasy Invia a ManuBeasy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
BLASTp quindi prendo l'ID della proteina e va a "matchare" contro le proteine già caratterizzate del genoma di TAC125 o compie comunque un match contro il genoma di tac125? Perché ti ripeto la proteina in questione non è stata caratterizzata in TAC125
Torna all'inizio della Pagina
  Discussione  

Quanto è utile/interessante questa discussione:

 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
Vai a:
MolecularLab.it © 2003-18 MolecularLab.it Torna all'inizio della Pagina