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ManuBeasy
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Inserito il - 05 febbraio 2014 : 11:16:54
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Salve a tutti. Cerco di esporre il problema. In un'esperienza di laboratorio abbiamo studiato la curva di crescita di Pseudoalteromonas haloplanktistac125 in un terreno standard + un diverso amminoacido per ogni coltura. L'obiettivo è studiare la curva di crescita, il catabolismo dell'aa (grazie all'ausilio della piattaforma MaGe, che consente di osservare se gli enzimi necessari per il catabolismo siano stati realmente annotati o meno) e l'uptake. Per l'uptake non è stata caratterizzata in tac125 la proteina adibita all'uptake. Quindi ho pensato di andare di BLAST (mai usato). Ho fatto una prova ed ho pescato Glutamate/aspartate transport ATP-binding protein GltL di E.Coli O157 su uniprot, preso la sequenza ed ho fatto un normale BLAST (blastn) contro il genoma di TAC125. Ha riscontrato un'identità dell'86%, max score 3181 ed E.Value 0.0
Un simile risultato dovrebbe essere accettabile e da considerarsi "buono" oppure occorre fare un tblastn? Il secondo fornisce risultati diversi...
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domi84
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Inserito il - 05 febbraio 2014 : 12:14:03
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Citazione:
ho fatto un normale BLAST (blastn) contro il genoma di TAC125. Ha riscontrato un'identità dell'86%, max score 3181 ed E.Value 0.0
significa che hai pescato il gene omologo.
Citazione:
oppure occorre fare un tblastn? Il secondo fornisce risultati diversi...
tecnicamente è una ricerca diversa. Hai tradotto tutti i possibili frame del tuo gene e hai cercato le 6 proteine in TAC125. Se però hai il codone di start puoi tradurre la proteina col frame del codone di start e blastare quella, dovrebbe trovarti la proteina omologa che dovrebbe essere la stessa...
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Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/ Le foto che ho scattato... |
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ManuBeasy
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18 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2014 : 16:23:38
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Sì sapevo cosa fosse un tblastn ma diciamo che mi pesca un risultato diverso con omologie piuttosto basse.
BLASTN

TBLASTN
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domi84
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ManuBeasy
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18 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2014 : 11:42:23
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Ok mi sa che ho fatto un po di confusione con gli ID. Riprovo a fare il BLASTp della proteina e vediamo che succede.... |
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ManuBeasy
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18 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2014 : 11:49:50
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BLASTp quindi prendo l'ID della proteina e va a "matchare" contro le proteine già caratterizzate del genoma di TAC125 o compie comunque un match contro il genoma di tac125? Perché ti ripeto la proteina in questione non è stata caratterizzata in TAC125 |
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