Homology modelling: come farlo?

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Autore

Discussione

Gst
Utente Junior

Prov.: Roma
Città: Ariccia

143 Messaggi

Inserito il - 17 maggio 2007 : 11:56:51

Salve ragazzi! spero possiate aiutarmi a risolvere un problema...è importante visto che riguarda la mia tesina della laurea triennale!!!

Avrei bisogno della figura del dominio Sh2 della proteina CSK (c-terminal Src kinase), ma le coordinate PDB nn sono depositate...quindi avevo pensato di fare homology moddeling, visto che sono invece depositate quelle di una proteina omologa a CSK, che è CHK (CSK homologous kinase)! come devo procedere? heeeeeeelp!

Mi è stato detto di prendere la figura del dominio della proteina omologa a CSK e scrivere nella didascalia di aver fatto Homology modelling....ma mi sembra troppo semplice! Sarebbe esatto??? magaaaari!

Grazie in anticipo...

Ascoltami con gli occhi...

Fil23
Utente Junior

Prov.: estero
Città: London

238 Messaggi

Inserito il - 17 maggio 2007 : 16:47:54

Ciao,
Se vuoi fare il modello per omologia nella sezione protocolli c'è un tutorial http://www.molecularlab.it/protocolli/protocol.asp?id=32

Cmq dai un occhio all'allineamento, perchè se la zona del dominio SH2 è molto conservata (come è logico pensare) molto probabilmente fai il modelling e alla fine ottieni una figura identica a quella della proteina CHK...quindi, se ti serve solo 1 figura, potresti evitarti tutto il modelling e mettere direttamente la figura dell'altra proteina.
ciao ciao