| Autore |
Discussione |
|
|
carlo4567
Nuovo Arrivato
Prov.: roma
Città: roma
40 Messaggi |
 Inserito il - 12 settembre 2005 : 17:27:12
|
Dovrei completare il seguente esercizio
Vorrei un piccolo aiuto
Grazie
Completare la seguente tabella utilizzando come matrice di sostituzione la PAM240
con una penalità di gap 5.
a
SeqA: F E F G W B C R T K
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
V 0
H 0
W 0
S 0
C 0
E 0
E 0
K 0
Q 0
F 0
a) allineamento del primo aminoacido della sequenza A con il primo aminoacido della
sequenza in verticale
b) controllare il punteggio della coppia di aminoacidi considerati nella matrice
pam 240 e segnarlo in piccolo nella casella in alto corrispondente alla coppia di
aminoacidi nella tabella dell'allineamento
c) eseguire il calcolo del punteggio secondo l'allineamento e il punteggio della
matrice e segnarlo in grande nella stessa casella in centro
d) ripetere la stessa procedura per ogni casella vuota della prima riga e poi
passare alla riga successiva fino al completamento della tabella
e) evidenziare l'allineamento o gli allineamenti più probabili tra le due
sequenze
|
|
|
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 12 settembre 2005 : 20:25:34
|
Ma non mi sembra difficile,
dicci qual e' il problema e ti aiuteremo (mica vi possiamo fare noi i compiti a casa qui) (gia' mi tocca trattare con troppe persone che non sanno nemmeno cos'e' un editor di testo e vogliono che gli si scriva un programma per prevedere il destino dell'umanita' da una sequenza proteica in tre giorni perche' credono che la bioinformatica sia una cavolata) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
 |
|
|
carlo4567
Nuovo Arrivato
Prov.: roma
Città: roma
40 Messaggi |
Inserito il - 15 settembre 2005 : 16:57:11
|
Hai ragione, ma purtoppo lavorando non ho molto tempo per segurie le lezioni.
Ho provato a risolvere l'esercizio con il libro di testo, ma non sono riuscito a cavarci le gambe.
Ne devo fare tanti altri, ma una volta risolto uno,e capito il procedimento, per gli altri mi arrangio da me.
Ti sarei davvero molto molto grato se tu potessi aiutarmi.
Poi se questi problemi sono troppo banali, prometto che non farò altri post
Comunque grazie di cuore per ogni eventuale aiuto |
|
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 settembre 2005 : 22:10:35
|
no ma io scherzo chiedi pure!
Ok, allora, questa è la matrice PAM240
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
A 2 -2 0 0 -2 0 0 1 -1 -1 -2 -1 -1 -4 1 1 1 -6 -4 0 0 0 0 -8
R -2 6 0 -1 -4 1 -1 -3 2 -2 -3 3 0 -5 0 0 -1 2 -4 -3 -1 0 -1 -8
N 0 0 2 2 -4 1 1 0 2 -2 -3 1 -2 -4 -1 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -8
D 0 -1 2 4 -5 2 4 1 1 -2 -4 0 -3 -6 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8
C -2 -4 -4 -5 12 -6 -6 -4 -4 -2 -6 -6 -5 -5 -3 0 -2 -8 0 -2 -5 -6 -3 -8
Q 0 1 1 2 -6 4 3 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 1 3 -1 -8
E 0 -1 1 4 -6 3 4 0 1 -2 -3 0 -2 -6 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8
G 1 -3 0 1 -4 -1 0 5 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -1 1 0 -7 -5 -1 0 0 -1 -8
H -1 2 2 1 -4 3 1 -2 7 -3 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 -1 -8
I -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 5 2 -2 2 1 -2 -1 0 -5 -1 4 -2 -2 -1 -8
L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 2 6 -3 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -4 -3 -1 -8
K -1 3 1 0 -6 1 0 -2 0 -2 -3 5 0 -5 -1 0 0 -4 -5 -3 1 0 -1 -8
M -1 0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2 2 4 0 7 0 -2 -2 -1 -4 -3 2 -2 -2 -1 -8
F -4 -5 -4 -6 -5 -5 -6 -5 -2 1 2 -5 0 9 -5 -3 -3 0 7 -1 -5 -5 -2 -8
P 1 0 -1 -1 -3 0 -1 -1 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 0 -6 -5 -1 -1 0 -1 -8
S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -1 -3 0 -2 -3 1 2 1 -3 -3 -1 0 0 0 -8
T 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1 -3 0 1 3 -5 -3 0 0 -1 0 -8
W -6 2 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -4 -4 0 -6 -3 -5 17 0 -6 -5 -6 -4 -8
Y -4 -4 -2 -4 0 -4 -4 -5 0 -1 -1 -5 -3 7 -5 -3 -3 0 10 -3 -3 -4 -2 -8
V 0 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -3 2 -1 -1 -1 0 -6 -3 4 -2 -2 -1 -8
B 0 -1 2 3 -5 1 3 0 1 -2 -4 1 -2 -5 -1 0 0 -5 -3 -2 3 2 -1 -8
Z 0 0 1 3 -6 3 3 0 2 -2 -3 0 -2 -5 0 0 -1 -6 -4 -2 2 3 -1 -8
X 0 -1 0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 0 0 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -8
* -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1
E questa è la matrice delle tue due sequenze:
F E F G W B C R T K
V
H
W
S
C
E
E
K
Q
F
Per il punto a-b, devi prendere il primo aa della seqA (è una F) ed il primo della SeqB (V)
Ora vai alla matrice PAM e prendi l'intersezione tra V ed F (se non mi sono cecato, il valore è -1)
F E F G W B C R T K
V -1
H
W
S
C
E
E
K
Q
F
e così via per tutti gli aa: devi prendere l'intersezione E-V (-2), di nuovo F-V (-1), G-V (-1), e così via. Farlo a mano mi sembra un po' macchinoso, l'ideale sarebbe scrivere un piccolo programma apposta.
Quando hai finito, devi cercare la linea diagonale con il punteggio più alto. Credo che se il prof ti ha chiesto questo si possa fare ad occhio. Per la precisione, devi partire da un aa sulla prima riga, possibilmente, e arrivare all'ultima: ogni volta che fai un movimento in diagonale aggiungi il valore della casella in cui arrivi, invece se devi fare un movimento laterale (in alto o in basso) sottrai anche 5 (così come l'ho detto sembra un gioco). ciao..
|
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
|
carlo4567
Nuovo Arrivato
Prov.: roma
Città: roma
40 Messaggi |
Inserito il - 16 settembre 2005 : 06:35:12
|
Grazie
Sei stato chiarissimo |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 16 settembre 2005 : 23:58:00
|
Wow! Posso dire che non ci ho capito una mazza?
Cioe', la spiegazione era chiarissima, saprei risolvere l'esercizio anche io... ma dovrei leggermi un paio di testi di bioinformatica perche' non ho idea di cosa siano le matrici di sostituzione etc... 
nICO
PS: dallolio... non spaventare i nuovi visitatori!  |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
Dinosauri.too.it
Utente Junior
Città: Napoli
167 Messaggi |
Inserito il - 17 settembre 2005 : 10:03:19
|
Citazione:
Messaggio inserito da chick80
PS: dallolio... non spaventare i nuovi visitatori!
|
omnis cellula e cellula |
|
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 settembre 2005 : 00:42:26
|
Citazione:
PS: dallolio... non spaventare i nuovi visitatori!
ok c'hai ragione ho esagerato... chiedo perdono 
Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Wow! Posso dire che non ci ho capito una mazza?
Cioe', la spiegazione era chiarissima, saprei risolvere l'esercizio anche io... ma dovrei leggermi un paio di testi di bioinformatica perche' non ho idea di cosa siano le matrici di sostituzione etc...
nICO
non è così complicato come potrebbe sembrare... è solo un sistema per attribuire un punteggio ad una sostituzione aminoacida. Dai un valore alto quando incontri una sostituzione molto comune (senza sapere perchè, semplicemente prendi un tot di sequenze simili e conti quante volte avviene ogni possibile scambio) ed uno basso quando trovi una sostituzione rara.
p.s. saluti dalla germania (un po' lontano!! ) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
| |
Discussione |
|
Matrici di sostituzione ed allineamenti
Guide tools online
