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maia84
Nuovo Arrivato
43 Messaggi |
 Inserito il - 03 gennaio 2006 : 11:50:27
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L matrice pam a differenza di quella nucleotidica non ha dei pesi,lungo la diagonale,identici.Ad es. il peso tra W e W è maggiore di quello tra A e A? Questo a cosa è dovuto? Mille grazie a coloro che mi risponderanno...
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 03 gennaio 2006 : 20:08:14
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Non sono un esperto di bioinformatica ma, da quanto ne so, dipende dal fatto che per calcolare i valori nelle matrici di sostituzione si tiene conto della frequenza relativa dei vari componenti. Quindi, mentre i 4 nucleotidi hanno, piu o meno, la stessa frequenza nel DNA, questo non e' vero per gli amminoacidi.
Tra l'altro questo ha anche un ruolo funzionale: ad es. una sostituzione di un triptofano sara funzionalmente molto meno sopportata di una sostituzione, ad es., di un glutammato. Infatti il W ha uno score molto alto sulla diagonale e molto basso nel resto della matrice. |
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Ra1D
Utente Junior
Prov.: Bergamo
Città: Treviglio
174 Messaggi |
Inserito il - 03 gennaio 2006 : 23:34:32
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Esattamente.
Gli amminoacidi non sono presenti nelle medesime proporzioni, per cui nel calcolo della matrice di sostituzione viene tenuta conto la frequenza con cui ognuno di essi compare. Inoltre a causa delle loro differenti caratteristiche chimico-fisiche la selezione naturale tollererà in maniera diversa la sostituzione di una Alanina rispetto a quella di un Triptofano. Quest'ultimo per esempio è uno degli amminoacidi presente in minor numero, e la cui mutazione porta effetti "pesanti", poichè è generalmente importante.
Vorrei inoltre ricordarti che il codice genetico è ridondante, per cui è da tenere in considerazione il fatto che mutazioni nelle triplette non sempre corrispondono a mutazioni nella proteina codificata.
Bye  |
...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza... |
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