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Uruclef
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
 Inserito il - 26 marzo 2008 : 17:32:36
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Ciao a tutti!
Ho un bel problema da risolvere, piuttosto complesso, ma informaticamente e proceduralmente interessante :D Premetto che sono un discreto utilizzatore Linux (debian-based in generale), e so usare bash scripting e perl.
Ho una serie di EST come accession number di NCBI (ex. W46985) e devo:
- trovare la sequenza dell'EST
- Blastare la sequenza contro il genoma umano per identificare il gene corrispondente (se individuato)
- Trovare quindi la entry del gene
Siccome ho un po' di queste EST sarebbe bello fare tutto in modo automatico! Solo che non so come fare: esistono dei tool che permettono di fare query per entry su ncbi senza passare dal sito? Io ho cercato ad esempio nel pacchetto ncbi-tools-bin e ncbi-tools-x11 ma non ho capito se la cosa si può fare e soprattutto come.. :| Avete idee? Grazie a tutti!
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
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Uruclef
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
 Inserito il - 27 marzo 2008 : 13:18:45
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| Questo l'ho già fatto, ma mi chiedevo se fosse possibile interrogare il sito usando un programma invece che via browser. Per automatizzare le operazioni sarebbe n volte più comodo |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 28 marzo 2008 : 13:34:32
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Citazione:
- trovare la sequenza dell'EST
Se vuoi usare la linea di comando puoi provare il pacchetto EMBOSS (http://emboss.sf.net), in particolare il tool seqret. Non so bene però quale possa essere l'identificativo USA delle sequenze su ESTdb.
Per il perl, dai un'occhiata ai moduli di bioperl (http://bioperl.org), e magari chiedi anche nella loro mailing list.
Citazione:
- Blastare la sequenza contro il genoma umano per identificare il gene corrispondente (se individuato)
Ricorda che le sequenze EST sono ottenute a partire da mRNA già processati da splicing, quindi non corrispondono perfettamente alle sequenze genomiche. Troverai grossi buchi, corrispondenti agli introni che sono stati tagliati.
Io per affrontare un problema simile ho usato un altro tool di allineamento, exonerate (http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/), con il modello per allineare sequenze di ESTs a genomi.
Citazione:
- Trovare quindi la entry del gene
Una alternativa potrebbe essere blastare direttamente le sequenze di EST sul database di trascritti dell'organismo, se questi sono ben annotati. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Problema: tool per NCBI
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