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HnACP
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
78 Messaggi |
 Inserito il - 17 maggio 2008 : 17:14:20
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ciao a tutti!
posto qui la mia domanda perchè penso che la ricerca degli ORF ormai viene fatta via computer.
Allora ogni gene ha 3 open reading frame per ciascun filamento, ma solo uno in teoria è quello codificante per una proteina funzionale.
Ma io nn capisco perchè ce ne devono essere 3! voglio dire la traduzione inizia sempre con il codone AUG, è ovvio che tutte le altre ORF nn sono valide!
Nei libri fanno l'esempio di una sequenza con 3 ORF per filamento, ma nessuna di queste inizia con AUG (cioè ATG per il DNA).
Qualcuno può chiarirmi le idee??! grazie!
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HnACP
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
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78 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2008 : 21:35:46
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| nessuno ne sa niente di ORF? |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2008 : 00:03:34
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Aspetta, credo che tu l'abbia letto troppo letteralmente :).
Ricordati che un gene tipicamente codifica per più proteine, ovvero per più trascritti.
Ogni trascritto viene letto secondo uno schema di lettura, che é uno dei tre possibili a seconda del punto in cui si inizia a tradurre.
Poi altre modificazioni come lo splicing o l'editing possono aumentare la variabilità andando a cambiare lo schema di lettura all'interno del trascritto, quindi capisci come da un gene si possono avere più prodotti. |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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HnACP
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
78 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2008 : 13:50:14
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grazie intanto della risposta!
si ok, un gene codifica per piu trascritti. Ma cmq ognuno di questi trascritti deve iniziare per forza con AUG.
Se io mi trovo su un foglio la sequenza di un frammento di DNA e mi chiedono di fare l'analisi degli ORF, io cerco prima codoni ATG e poi i rispettivi codoni di termine.
A tradurre si inizia sempre da AUG!! nn riesco a capire come fanno ad esserci altri 2 schemi di lettura!!  |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2008 : 16:40:57
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Citazione:
A tradurre si inizia sempre da AUG!! nn riesco a capire come fanno ad esserci altri 2 schemi di lettura!!
Innanzitutto l'AUG non si trova all'inizio del trascritto, ma al suo interno.
Prima dell'AUG vi é una regione chiamata "5' UTR" (5' Un-Translated Region), che come dice il nome, non viene tradotta, e contiene segnali regolatori per il trasporto, la regolazione dell'espressione, etc.
Una sequenza di un trascritto maturo potrebbe per esempio essere:
acugugaguccaAUGucguAUGcAUGatgcagtgatcgtagctacgtagctgactttgtca
Ti ci ho messo tre codoni di inizio: se ci fai caso sono su tre schemi di lettura differenti, visto che sono distanziati da 4 e 1 basi.
In principio tu non puoi sapere quale di questi tre AUG verrà utilizzato come inizio della traduzione: infatti può darsi che il primo di questi sia troppo vicino a qualche altro segnale per essere riconosciuto, o che venga inibito dalla cellula.
Quello che puoi fare é provare a tradurre partendo da ogni AUG che incontri, seguendo lo stesso schema di lettura, e vedere quali di questi codificano per una proteina valida.
Ciò che ti si vorrebbe far capire, é che in teoria una stessa regione di DNA o mRNA potrebbe essere utilizzata per codificare tre geni e proteine diversi (sei includendo il filamento opposto), ognuno completamente diverso dall'altro, ed é una cosa che in parte accade in alcuni virus. |
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HnACP
Nuovo Arrivato
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Città: Milano
78 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2008 : 16:47:57
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ok grazie ho capito!
quello che era sviante nei libri è che mettevano sequenze senza nessun codone d'inizio, e quindi nn si capiva bene!
grazie ancora dallolio! |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2008 : 16:55:54
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Meno male!! Spero di non aver detto qualche cavolata  |
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CIA
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Rivadolmo
233 Messaggi |
Inserito il - 20 maggio 2008 : 10:59:28
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Ma che bravura!!!
Ora ho capito gli ORF pure io! |
CIA
Se è verde o si muove, è biologia. Se puzza, è chimica. Se non funziona, è fisica.
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