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genoveffa
Nuovo Arrivato
Prov.: Avellino
25 Messaggi |
 Inserito il - 09 giugno 2006 : 20:20:30
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ciao a tutti,
volevo chiedere se qualcuno sa dirmi cosa sono le sequenze est
grazie mille
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 09 giugno 2006 : 20:40:07
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Ciao, le EST (Expressed Sequence Tags) sono sequenze in genere di 200 bp che derivano dal sequenziamento di una parte di un mRNA maturo.
Possono essere utilizzate come sonde per identificare quali proteine vengono espresse in una cellula, come nei MicroArray.
In genere sono piu' corte dei trascritti completi, perche' sequenziare un intero mRNA e' piu' costoso: questo pero' puo' produrre risultati errati nel caso vi siano forme di splicing alternativo non conosciute.
Storicamente venivano usate gia' da prima del sequenziamento del genoma umano, per cui potresti vederle associate alle STS, che sono la stessa cosa ma si trovano nel DNA.
http://www.biocrawler.com/encyclopedia/Expressed_sequence_tag
http://en.wikipedia.org/wiki/Expressed_Sequence_Tag |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 11 giugno 2006 : 14:57:29
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Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
Possono essere utilizzate come sonde per identificare quali proteine vengono espresse in una cellula, come nei MicroArray.
...e su questo ci aggiungerei un piccola nota polemica: questo utilizzo delle EST ha rappresentato un clamoroso esempio di come si possa speculare sui brevetti biotech. Per fortuna ora le EST non si possono più brevettare (almeno così mi hanno raccontato... perlomeno bisogna dare qualche motivazione in più oltre alla semplice funzione di sonda: si sono fatti soldi a palate con il minimo sforzo) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Criki
Nuovo Arrivato
Città: Zurigo
6 Messaggi |
Inserito il - 08 novembre 2007 : 12:12:42
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| mmmh, non so se hanno fatto soldi a palate, è innegabile perö che avere una banca di EST facilita moltissimo il lavoro di previsione, per esempio trovare un RNA antisenso tra i cDNA che qualcuno ha fatto per noi in precedenza....certo che è una palla di lavoro, ma mi sento comunque di ringraziare chi fa EST! |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 08 novembre 2007 : 12:24:48
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Anche noi le usiamo qui in laboratorio, per la predizione di forme di splicing alternativo in silico.
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Blunay
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: Napoli
34 Messaggi |
Inserito il - 20 maggio 2008 : 22:39:05
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Ragazzi secondo voi quali sono le ragioni per cui una EST non "matcha" sempre sul genoma a cui fa riferimento?
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Non troverai mai la Verità se non sei disposto ad accettare anche ciò che non ti aspettavi di trovare (Eraclito) |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 22 maggio 2008 : 22:04:30
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| Perché contiene almeno due esoni? Perché é un tipo di dato di bassa quaità? E' una domanda specifica o hai qualche esempio? |
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sequenze est
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