Ciao a tutti...vi prego aiutatemi... qualcuno ha l'implementazione in python dell'allineamento locale? oppure se mi potete spiegare come faccio a tenere traccia dei massimi locali,perkè nel programma ke ho scritto riesce a prendere solo il più grande massimo.Grazie
In principio non é difficile, devi solo creare una matrice e farci sopra un paio di calcoli. Ma non ho capito bene la domanda... riesci ad ottenere almeno un massimo locale? O vuoi una lista di più possibili candidati?
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
Grazie per avermi risposto. Il mio problema è che riesco a trovare solo il massimo allineamento locale. Incece gli altri massimi minori non so come prenderli dalla matrice senza cancellare niente nella matrice.Ho provato a tener traccia in una lista di tutti i massimi con le rispettive coordinate ma poi quando vado a richimare la funzione del massimo facendo anche ciclare la lista, non mi prende gli altri massimi...
lì usa due matrici, una per i punteggi e l'altra per tenere traccia degli allineamenti migliori.
Io l'allineamento l'avevo realizzato ma in octave, ed era risultato più semplice perché é più semplice lavorare con le matrici. Ti consiglierei di utilizzare il modulo di python numpy perché ti rende molto più facile proprio questo aspetto..
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)