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enniov
Nuovo Arrivato

Prov.: Lecce
Città: Cannole


8 Messaggi

Inserito il - 14 aprile 2004 : 20:40:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di enniov Invia a enniov un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti,
avrei bisogno del codice sorgente dell'algoritmo Blast.
Ho già scaricato i toolkit NCBI ed EMBOSS ma non sono ancora riuscito ad estrapolare il solo algoritmo Blast.
Dove posso trovarlo?

Grazie.

atreliu
Amministratore

2970fired

Prov.: Milano
Città: Milano


2484 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2004 : 16:51:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di atreliu  Invia a atreliu un messaggio AOL  Invia a atreliu un messaggio ICQ  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di atreliu  Invia a atreliu un messaggio Yahoo! Invia a atreliu un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Dovresti trovarlo a questa pagina:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blast_whatsnew.shtml#20040210

Spero di esserti stato utile

Riky

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enniov
Nuovo Arrivato

Prov.: Lecce
Città: Cannole


8 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2004 : 10:42:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di enniov Invia a enniov un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Tante grazie Riki.

Il mio problema è però un altro: ho bisogno del solo sorgente del Blast (distribuito in C) e non di tutto il toolkit NCBI. Ho cercato in rete ma non ho trovato niente!
Ho scaricato anche Emboss ma anche in questo caso non è facile estrapolare l'algoritmo.

Saluti.
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atreliu
Amministratore

2970fired

Prov.: Milano
Città: Milano


2484 Messaggi

Inserito il - 17 aprile 2004 : 00:44:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di atreliu  Invia a atreliu un messaggio AOL  Invia a atreliu un messaggio ICQ  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di atreliu  Invia a atreliu un messaggio Yahoo! Invia a atreliu un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per ora ho trovato questo...

Ma il link del menu a sinistra di questa pagina??
Download
* Source code
http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/

Ho trovato anche altre alternative Open Source
http://mpiblast.lanl.gov/

e qualcosa d'altro ancora..
http://xena1.ddns.comp.nus.edu.sg/~genesis/blast++/download.html

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enniov
Nuovo Arrivato

Prov.: Lecce
Città: Cannole


8 Messaggi

Inserito il - 21 aprile 2004 : 15:26:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di enniov Invia a enniov un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,
avrei bisogno anche di un po di documentazione in italiano, possibilmente, su blast e su NCBI_Toolkit.
Grazie.
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z4r1u5
Nuovo Arrivato




56 Messaggi

Inserito il - 25 aprile 2004 : 12:28:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di z4r1u5 Invia a z4r1u5 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
skusate l'intromissione, ma sono un newbe curioso
vi ho visto parlare di algorittmi e codice sorgente...ho sempre desiderato impratikirmi nell'aspetto bio informatiko delle bioteknologie, ma per motivi di nn.opportunita nn posso...sapreste dirmi come posso fare per diventare un buon autodidatta?

grazie,
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atreliu
Amministratore

2970fired

Prov.: Milano
Città: Milano


2484 Messaggi

Inserito il - 27 aprile 2004 : 17:58:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di atreliu  Invia a atreliu un messaggio AOL  Invia a atreliu un messaggio ICQ  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di atreliu  Invia a atreliu un messaggio Yahoo! Invia a atreliu un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Bhè, non ti resta che trovare qualche esempio come presente in www.molecularlab.it/bioinformatica
E poi divertirti con i vari strumenti e tools (magaris u Linux con la versione che parte e resta su CD -Vedi http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=154 ), e imparare ad usare bene questi programmi... leggerti le guide, fare prove, impratichirti, etc...

Riky

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enniov
Nuovo Arrivato

Prov.: Lecce
Città: Cannole


8 Messaggi

Inserito il - 29 aprile 2004 : 16:11:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di enniov Invia a enniov un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve,

vorrei trovare il codice sorgente di un Web Service che implementa l'algoritmo Blast.

Mi servirebbe per l'ambiente Linux ma va bene anche per Windows.

Potreste aiutarmi?
Grazie.
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atreliu
Amministratore

2970fired

Prov.: Milano
Città: Milano


2484 Messaggi

Inserito il - 30 aprile 2004 : 05:44:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di atreliu  Invia a atreliu un messaggio AOL  Invia a atreliu un messaggio ICQ  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di atreliu  Invia a atreliu un messaggio Yahoo! Invia a atreliu un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao enmiov, potresti installarti il toolkit dell'NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blast_whatsnew.shtml#20040210

Oppure l'intero pacchetto emboss http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/

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enniov
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Città: Cannole


8 Messaggi

Inserito il - 03 maggio 2004 : 12:52:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di enniov Invia a enniov un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao,

ho già scaricato tutti e due i pacchetti (ho pure scaricato Blast 1.0) ma non so come trovare i file che fanno parte del web service!
Da quanto ho comunque visto potrebbero anche non esserci.
Potreste aiutarmi?

Grazie tante.
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2004 : 13:34:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da z4r1u5

skusate l'intromissione, ma sono un newbe curioso
vi ho visto parlare di algorittmi e codice sorgente...ho sempre desiderato impratikirmi nell'aspetto bio informatiko delle bioteknologie, ma per motivi di nn.opportunita nn posso...sapreste dirmi come posso fare per diventare un buon autodidatta?

grazie,

Forse ti posso essere di aiuto, perchè anch'io sono un 'newbie', e sto muovendo i primi passi. Apri un topic apposta, però...:)

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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