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Patrizio
Moderatore

Citt�: Barcellona

1914 Messaggi

Inserito il - 10 ottobre 2008 : 23:19:37

Ai bioinformatici e non
volevo chiedervi se conoscete altri programmi oltre genscan che analizzano le sequenze,visto che ho provato con una sequenza nota,e sineramente non ha azzeccato niente se non il numero di esoni,magari con altri programmi riesco ad avere dei risultati piu' attendibili

thanks

frau_frosch
Utente Junior

Citt�: Boston

225 Messaggi

Inserito il - 11 ottobre 2008 : 17:18:39

Mmm..provato con Genome Scan?
http://genes.mit.edu/genomescan.html

Patrizio
Moderatore

Citt�: Barcellona

1914 Messaggi

Inserito il - 13 ottobre 2008 : 14:20:09

Frau_frosh,avevo gia' provato con questo...pero' mi cade la pagina e non mi fa la scansione .....
ricordo che ce n era uno con una drosophila come logo..ma non ricordo il nome

Patrizio
Moderatore

Citt�: Barcellona

1914 Messaggi

Inserito il - 13 ottobre 2008 : 20:11:30

Frau_frosh concludo....dicendo che ho ritrovato fruitfly e mi ha dato degli attimi risultati

http://www.fruitfly.org/seq_tools/splice.html

thnks

frau_frosch
Utente Junior

Citt�: Boston

225 Messaggi

Inserito il - 14 ottobre 2008 : 13:56:52

perfetto...allora lo "bookmarko" questo sito ihih

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 14 ottobre 2008 : 18:00:51

Spiegati bene, non si capisce esattamente quello che vuoi fare.
Cosa vuol dire 'analizzare una sequenza'?

Se vuoi fare le cose per bene dovresti leggerti un po' di bibliografia per capire quello che stai facendo, altrimenti ti sar� difficile interpretare i risultati!!
Ti consiglio di partire da una review come questa:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15193305?ordinalpos=2&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed_RVDocSum

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

Patrizio
Moderatore

Citt�: Barcellona

1914 Messaggi

Inserito il - 14 ottobre 2008 : 20:34:39

Sinceramente pensavo si capisse

in quanto avevo parlato di genscan...e l unica analisi che sapevo facesse era quella di vedere dove iniziano e finiscono gli esoni ed introni dando uno score piu' o meno alto
cmq in pratica devo inserire una mutazione in un trascritto e volevo vedere se mi cambiava la lunghezza dell esone,o meglio ancora come ho fatto con fruitfly vedere se mi variava lo score dei siti AG/GT di splicing

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