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hurricane86
Nuovo Arrivato
50 Messaggi |
 Inserito il - 16 gennaio 2009 : 17:11:35
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buongiorno a tutti,
premettendo che non sò un cavolo di bioinformatica mi trovo nei guai.
Il prof ha assegnato una missione per me impossibile, a partire dal genoma di una bestia (pardon, organismo) a nostra discrezione, andare alla ricerca delle sequenze codificanti per dei canali del potassio, e da questa predirne struttura e funzione.
1-non saprei come cercare specifiche sequenze (in questo caso "canali K") in un genoma, che programma mi consigliate?
-->2-dalla sequenza è possibile predire la funzione?? immagino si vada ad omologia con altre sequenze conosciute, correggetemi se dico castronate
-che significa predirne la funzione?? se è un canale funzionerà come un canale
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Think I'll lose my mind if I don't find something to pacify
....muore lentamente chi non esplora cio che non conosce.... |
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dallolio_gm
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Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 gennaio 2009 : 17:19:00
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Se questo e' un esercizio per un esame o qualcosa del genere, ti possiamo aiutare (anche se faresti prima a dare una occhiata negli altri topic, dove queste domande sono gia' state poste)
Se invece lo fai come progetto di laboratorio, per pubblicare un articolo, onestamente ti consiglio di lasciare perdere (di' al tuo prof di venire qui su molecularlab, e gli spieghiamo noi che non ne vale la pena) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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hurricane86
Nuovo Arrivato
50 Messaggi |
Inserito il - 16 gennaio 2009 : 17:49:38
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Si è messo in testa di affibbiarci un progetto di ricerca di questo genere, che vale come parte integrante (25%!!!! è pazzo!!) dell'esame
stavo guardando ora in giro per il forum (lo sò le regole impongono ii percorso inverso, prima guardare e poi chiedere), ma persevero a non sapere da che parte iniziare questo lavoro.
Per ora cerco, se non dovessi capire, chiederò nuovamente
grazie in anticipo |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
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2445 Messaggi |
Inserito il - 16 gennaio 2009 : 18:12:31
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Per la ricostruzione della struttura, tieni presente questo workflow:
- http://www.russell.embl-heidelberg.de/gtsp/flowchart2.html
Per la selezione di geni coinvolti nell'attivita' di trasporto del potassio, cerca su geneontology:
- http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/go.cgi
metti 'potassium channel' nella casella di ricerca, e poi tra i vari link guarda su i domini interpro annotati per questa attivita', e il link 'Gene list'. |
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