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mikeee
Nuovo Arrivato



18 Messaggi
Inserito il - 25 marzo 2009 : 13:49:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di mikeee Invia a mikeee un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti!
qualcuno di voi sa come interpretare i dati ottenuti da InParanoid nella ricerca di ortologhi? non riesco a trovare a cosa si riferiscano i vari scores e come siano stati ottenuti.
Grazie!

chick80
Moderatore

DNA

Cittā: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 25 marzo 2009 : 14:08:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non ne ho idea, ma probabilmente troverai le risposte qui:

Automatic clustering of orthologs and in-paralogs from pairwise species comparisons.
Inparanoid: a comprehensive database of eukaryotic orthologs.
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 25 marzo 2009 : 14:13:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Hai una ragione particolare per usare InParanoid invece che, per esempio, Ensembl?

Per rispondere alla tua domanda, dovresti specificare a quali 'scores' ti riferisci: scrivi i passaggi che fai per ottenerli, e forse ti potremo aiutare.

La cosa migliore comunque é fare riferimento alla pubblicazione ufficiale del database:
- http://inparanoid.sbc.su.se/cgi-bin/faq.cgi
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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mikeee
Nuovo Arrivato



18 Messaggi
Inserito il - 25 marzo 2009 : 14:13:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di mikeee Invia a mikeee un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
..grazie ma ho gia'guardato questi papers..niente che mi possa aiutare nel decifrare l'output. grazie comunque
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mikeee
Nuovo Arrivato



18 Messaggi
Inserito il - 25 marzo 2009 : 14:22:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di mikeee Invia a mikeee un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
La ragione per cui uso InParanoid e'che devo trovare degli orthologhi tra specie batteriche, animali e vegetali. Ensembl mi pare che includa soltanto vertebrati. I risultati li ho ottenuti sottoponendo ad Inparanoid direttamente le sequenze fasta dei vari genomi, non dal sito web ma tramite uno script in Perl. Nel file di risposta per ogni gene ortologo trovato ottengo uno score (max mi pare che sia intorno a 2900) e quello che vorrei sapere e' come InParanoid lo abbia ricavato
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