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Odile768
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6 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2009 : 11:43:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Odile768 Invia a Odile768 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve ragazzi avrei bisogni di un chiarimento sugli allineamenti multipli.La mia domanda è la seguente: io sò che il punto di partenza x un allineamento progressivo è l'allineamento tra tutte le possibili coppie di sequenze e che date N sequenze si dovrenno effettuare N(N-1)/2 allineamenti a coppie.Quindi c'ho che faccio è calcolarmi i punteggi di similarità. Ora il mio dubbio è sulle matrici di distanza,ovvero non ho ben capito se queste matrici siano equivalenti ai punteggi di similarità x costruire poi gli alberi,quindi o mi calcolo i punteggi di similarità o mi calcolo la matrice di distanza sempre arriverò a questi cluster e a questi alberi,oppure servono entrambi e quindi devo calcolare entrambi x arrivare alla costruzione dell'albero!grazie mille

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2009 : 13:54:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Salve ragazzi avrei bisogni di un chiarimento sugli allineamenti multipli.La mia domanda è la seguente: io sò che il punto di partenza x un allineamento progressivo è l'allineamento tra tutte le possibili coppie di sequenze e che date N sequenze si dovrenno effettuare N(N-1)/2 allineamenti a coppie
Questo é vero, e visto che si tratta di un calcolo molto costoso computazionalmente, i tool di allineamento multiplo attuali utilizzano dei trucchi per diminuire il numero di calcoli richiesti.

Citazione:
Quindi c'ho che faccio è calcolarmi i punteggi di similarità. Ora il mio dubbio è sulle matrici di distanza,ovvero non ho ben capito se queste matrici siano equivalenti ai punteggi di similarità x costruire poi gli alberi
Qui non sono sicuro su cosa risponderti..
Non ho capito se stai parlando delle matrici di sostituzione, o di quelle interne ad un programma di allineamento multiplo particolare.
Stai parlando di clustalw?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Odile768
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6 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2009 : 14:28:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Odile768 Invia a Odile768 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Hey grazie mille x la risp!sisi parlo di clustal w.....
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Odile768
Nuovo Arrivato



6 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2009 : 18:47:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Odile768 Invia a Odile768 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cioè volevo intendere se x costruire l'albero devo usare sia la matrice di distanza che i punteggi di similarità...scusate se nn mi sn spiegata bene ma nn essendo chiaro a me qst argomenti non sono riuscita neanche a postare bene la domanda
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