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simcrist
Nuovo Arrivato


Prov.: Milano
Città: Milano


62 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2009 : 18:13:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di simcrist Invia a simcrist un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Potete fornirmi indicazioni su dove trovere, in rete, convertitori che trasformino il formato mzXML in mzData.

Detti formati sono utilizzati, come standard universali, per archiviare i dati acquisiti medinate gli spettrometri di massa.

Dr.Simone Cristoni
ISB srl
laboratori analisi chimiche
Analisi sostanze stupefacenti

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2009 : 19:07:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Provato a vedere qui:
- http://tools.proteomecenter.org/wiki/index.php?title=Formats:mzXML ?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Ra1D
Utente Junior

giro-Ra1D

Prov.: Bergamo
Città: Treviglio


174 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2009 : 20:41:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ra1D Invia a Ra1D un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Putroppo c'è un bel caos a riguardo, ma penso tu lo sappia meglio di me data l'esperienza :)
Anche qua dicono qualcosa a riguardo,
http://mass-spec.lsu.edu/mswiki/index.php/MzXML

Questo è invece un progetto che ho trovato da poco, sto ancora testando se funziona perchè è in fase di sviluppo, ma ci sono alcuni script interessanti o almeno da cui prendere spunto.
http://mspire.rubyforge.org/


...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza...
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simcrist
Nuovo Arrivato


Prov.: Milano
Città: Milano


62 Messaggi

Inserito il - 29 aprile 2009 : 08:51:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di simcrist Invia a simcrist un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Effettivamente c'è un pò di confusione. Probabilmente si tratta di un perisodo di assestamento tra protocolli di archiviazione dati.

In ogni caso, grazie dei links. Sono veramente interessanti.

Citazione:
Messaggio inserito da Ra1D

Putroppo c'è un bel caos a riguardo, ma penso tu lo sappia meglio di me data l'esperienza :)
Anche qua dicono qualcosa a riguardo,
http://mass-spec.lsu.edu/mswiki/index.php/MzXML

Questo è invece un progetto che ho trovato da poco, sto ancora testando se funziona perchè è in fase di sviluppo, ma ci sono alcuni script interessanti o almeno da cui prendere spunto.
http://mspire.rubyforge.org/




Dr.Simone Cristoni
ISB srl
laboratori analisi chimiche
Analisi sostanze stupefacenti
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simcrist
Nuovo Arrivato


Prov.: Milano
Città: Milano


62 Messaggi

Inserito il - 29 aprile 2009 : 08:56:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di simcrist Invia a simcrist un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Si ho provato ma effettivamente c'è un po di confusione sull'argomento e in generale sull'utilizzo di questi due formati.

Vorrei in effetti capire quali sono i vantaggi e gli svantaggi di entrambi.

Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm

Provato a vedere qui:
- http://tools.proteomecenter.org/wiki/index.php?title=Formats:mzXML ?


Dr.Simone Cristoni
ISB srl
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Ra1D
Utente Junior

giro-Ra1D

Prov.: Bergamo
Città: Treviglio


174 Messaggi

Inserito il - 29 aprile 2009 : 10:31:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ra1D Invia a Ra1D un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In realtà avevo letto un editoriale su Nature Methods in cui si parlava di un terzo formato che dovrebbe essere univoco, al posto del mzXML di Seattle e del mzData della HUPO.
Però credo che la strada per rendere univoco e sharabile il materiale che arriva da più fonti sia ancora molto lunga, e piena di insidie...soprattutto politiche

http://www.nature.com/nmeth/journal/v5/n3/full/nmeth0308-209.html

Edit: ne parlano anche qua
http://www.psidev.info/index.php?q=node/257
http://proteowizard.sourceforge.net/

...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza...
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simcrist
Nuovo Arrivato


Prov.: Milano
Città: Milano


62 Messaggi

Inserito il - 08 maggio 2009 : 07:49:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di simcrist Invia a simcrist un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Molto interessante.

Grazie dell'informazione

Citazione:
Messaggio inserito da Ra1D

In realtà avevo letto un editoriale su Nature Methods in cui si parlava di un terzo formato che dovrebbe essere univoco, al posto del mzXML di Seattle e del mzData della HUPO.
Però credo che la strada per rendere univoco e sharabile il materiale che arriva da più fonti sia ancora molto lunga, e piena di insidie...soprattutto politiche

http://www.nature.com/nmeth/journal/v5/n3/full/nmeth0308-209.html

Edit: ne parlano anche qua
http://www.psidev.info/index.php?q=node/257
http://proteowizard.sourceforge.net/


Dr.Simone Cristoni
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