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amelietta
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
 Inserito il - 20 giugno 2009 : 14:18:46
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Ciao a tutti, mi sono appena iscritta a questo utilissimo forum!
avrei bisogno di aiuto..vorrei cercare in una definita porzione di cromosoma dei geni che abbiamo funzione simile, come posso fare? ho appena iniziato e finora li ho guardati uno a uno ma mi sono subito resa conto che è un'impresa immensa....qualche consiglio?
grazie grazie 
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
 Inserito il - 21 giugno 2009 : 10:54:04
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Ciao e Benvenuta sul forum.
Premetto che non so rispondere alla tua domanda .
Riguardo alla "funzione" del gene che devi trovare, devono essere degli omologhi?! Perchè se è così potresti fare un Blast, e vedere se le proteine più simili ricadono nella regione del cromosoma di tuo interesse... |
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 21 giugno 2009 : 11:28:31
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Dipende da quello che intendi per 'funzione'.
Il database 'Gene Ontology' attribuisce ad ogni gene alcune etichette che rappresentano le sue funzioni, divise in tre categorie: processi biologici, localizzazione cellulalare, e funzione molecolare.
Per esempio, il gene COX2, per gene ontology, é coinvolto nel processo "bile acid metabolic process", si trova nel peroxisoma, e ha funzione di acyl-CoA oxidase (clicca [qui per vedere la scheda)
Per vedere se un tratto del cromosoma vi sono geni con funzione simile, quello che puoi fare é ottenere prima la lista di tutti i geni presenti, e poi utilizzare questo tool http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/term_enrichment fornito da gene ontology, che ti dice se vi sono termini go in comune tra quelli di una lista di geni.
Un'altra opzione é allineare tutte le sequenze dei geni nella regione di interesse, e vedere se alcuni di essi hanno domini in comune. Questa potrebbe essere una indicazione di geni con funzione simile. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 21 giugno 2009 : 11:33:49
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p.s. mi é venuto in mente che per eseguire l'intera analisi puoi utilizzare un unico tool, biomart.
vai qui:
- http://www.biomart.org/
e clicca su 'BioMart Central Portal'
Dove ti pone 'Choose Database', seleziona 'Ensembl 54 Genes (sanger uk)', e poi 'Homo sapiens genes (ncbi36)'
Poi, nel menù a sinistra, scegli 'Filters', e apri la scheda 'Region'. Da lì puoi selezionare una regione specifica del genoma.
Infine, sempre nel menù di sinistra, clicca su 'Attributes'. Da qui, apri 'Features', quindi 'External', e seleziona "GO Description" in tutti e tre i campi GO (GO significa Gene Ontology).
Infine, per ottenere i risultati, devi cliccare su 'Results', nella barra nera in alto. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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amelietta
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
 Inserito il - 22 giugno 2009 : 11:45:47
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ciao a tutti e grazie!
dallolio_gm sei stato davvero charo e ho provato a fare come mi ahi consigliato ma ho un pò di problemi...
usando http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/term_enrichment e inserendo una lista di geni non so poi che parametri dare e quindi non me li seleziona....
biomart invece mi restituisce pochissimi geni anche selezionando l'intero cromosoma e mi sembra molto strano!
praticamente io ora ho una megalista di geni ottenuta da ncbi e....non so come fare se non guardare la funzione di tutti...mah
ciao |
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