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pantheater
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
 Inserito il - 19 giugno 2006 : 15:53:23
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Salve a tutti. Sono uno studentessa di Biotecnologie. Sto preparando l'esame di bioinformatica ma, a un giorno dall'esame, ho trovato due domande su cui sono incerta... Se qualcuno potesse suggerirmi la risposta ne sarei immensamente felice.
Le domande sono:
1) Le collezioni di EST
a) sono utili alla determinazione di strutture secondarie;
b) rappresentano sequenze espresse;
c) sono database secondari;
d) sono importanti per l'allineamento di proteine.
2) Il valore di E - VALUE calcolato da BLAST rappresenta
a) la probabilità che l'allineamento generato sia casuale;
b) la probabilità che l'allineamento generato non sia casuale;
c) la percentuale di identità dell'allineamento;
d) il rapporto tra lo score e la percentuale d'identità
dell'allineamento.
Grazie in anticipo.
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The way your heart sounds makes all the difference. It's what decides if you'll endure the pain that we all feel. The way your heart beats makes all the difference in learning to live. |
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pantheater
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
 Inserito il - 19 giugno 2006 : 16:09:23
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Scusate tanto, ma ho un altro dubbio:
Il dendrogramma generato da CLUSTALW
1) può essere utilizzato per generare un albero in forma grafica
2) fornisce un indice della qualità dell'allineamento
3) è un file in formato grafico contenente l'allineamento
Ri - grazie |
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bluevil
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 19 giugno 2006 : 21:48:20
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ciao,
EST sta per Expressed Sequence Tags quindi la risposta alla prima domanda dovrebbe essere la b
per la seconda ti riporto direttamente dal sito di blast:
"The E value for an alignment score "S" represents the number of hits with a score equal to or better than "S" that would be "expected" by chance (the background noise) when searching a database of a particular size."
per la terza sono un pò più incerto ... la prima è sicuramente vera, ma per sicurezza ti riporto la nota ufficiale (magari ho inteso male!)
If you have already loaded sequences, use menu item 1 to do the complete
multiple alignment. You will be prompted for 2 output files: 1 for the
alignment itself; another to store a dendrogram that describes the similarity
of the sequences to each other.
Multiple alignments are carried out in 3 stages (automatically done from menu
item 1 ...Do complete multiple alignments now):
1) all sequences are compared to each other (pairwise alignments);
2) a dendrogram (like a phylogenetic tree) is constructed, describing the
approximate groupings of the sequences by similarity (stored in a file).
3) the final multiple alignment is carried out, using the dendrogram as a guide.
ciao ed in bocca al lupo per l'esame! |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2006 : 11:08:10
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Benvenuti a tutti e due,
penso sia b-a-a. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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pantheater
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2006 : 16:05:26
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Grazie ad entrambi, ho fatto lo scritto ed i vostri consigli mi sono stati utilissimi! A giorni, però, avrò l'orale ed ho ancora qualche dubbio su BLAST....
Ad esempio....nell'output di BLAST cosa rappresentano le sequenze con lo stesso score? E le equenze che hanno lo stesso score possono avere lo stesso E-VALUE?
Ragazzi, mi state salvando la vita!!!  |
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genoveffa
Nuovo Arrivato
Prov.: Avellino
25 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2006 : 17:12:31
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secondo me la riposta esatta della seconda domanda è la b.
perchè e-value è un parametro che indica qual è la probabilità che un match trovato non sia dovuto al caso
(dallolio corregimi se sbaglio visto che tu sei il guru della bioinformatica) |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 21 giugno 2006 : 12:27:11
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Io penso che sia il primo ;) anche perche' se ci fai caso, i migliori allineamenti sono quelli che hanno un E-value estremamente piccolo (minore di 10^-3 in genere).
Credo che la migliore definizione sia che l'e-value rappresenti la prob. che il risultato sia un falso positivo. ciao!! ;) |
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EST e E-VALUE....?
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