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silvietta82
Utente Junior
126 Messaggi |
 Inserito il - 17 settembre 2009 : 18:06:26
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Ciao a tutti, sto legendo un articolo di bioinformatica, ma alcune cose non mi sono chiare (un po' l'argomento, un po' l'inglese....).
Riassumendo: gli autori fanno un ChIP-seq per identificare il pattern di legame della PolII (e quindi i geni attivi) in 2 linee di carcinoma mammario umano: la prima normale, la seconda resistente al tamoxifene.
E fin qui ci siamo!
Poi normalizzano i dati con un metodo di regressione loale polinomiale per stimare una LOESS smoother della media e della varianza dei dati osservati...e qui nn ho capito più nulla, vi riporto parte dell'articolo sperando che qualcuno possa aiutarmi almeno a darmi un input:
Let xij be the Pol II binding quantity for bin i (i = 1 ,… ,n), where
n is the total number of bins in a chromosome and j = 1, 2 refers to control (reference) and treatment samples, respectively. In our application, we use bins of size 1K nt, i.e. xij is the sum of fragments counts that are mapped between location (i#8722;1)×1000 and i× 1000 + 1 in sample j. Bin size of 1K nt is chosen to balance between the number of data points and resolution.The normalization process is a two-step procedure. First, the fitted values are estimated by regressing the observed difference on the mean counts:
eccetera
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silvietta82
Utente Junior
126 Messaggi |
 Inserito il - 17 settembre 2009 : 21:12:32
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Dinuovo io  . Senza considerare quello che ho scritto sopra (che magari vi confonde le idee) qualcuno mi sa spiegare cosa significa normalizzare dei dati (di array o di chIP-seq...)in 2 fasi, prima rispetto alla media e poi alla varianza?? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 18 settembre 2009 : 00:45:44
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| E' un metodo di normalizzazione dei dati in cui si pone la media a 0 e la varianza a 1 (lo fai semplicemente prendendo ogni dato, sottraendovi la media e dividendo il risultato per la varianza) |
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silvietta82
Utente Junior
126 Messaggi |
Inserito il - 18 settembre 2009 : 11:02:37
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| Grazie mille |
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