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Kebenshin
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4 Messaggi |
 Inserito il - 16 aprile 2009 : 12:06:11
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Buongiorno a tutti carissimi, sapreste dirmi in cosa principalmente si differenzia T coffe dal software ClaustalW??
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 16 aprile 2009 : 14:43:01
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La spiegazione breve é che T-Coffee é piś accurato di Clustalw, ma piu' lento. In generale ti consiglio di usare T-Coffee, perché é piś completo; permette anche di introdurre costraints come la struttura secondaria e residui che devono essere sempre allineati.
Quello che cambia tra i due programmi é la maniera in cui semplificano il problema dell'allineamento multiplo.
In teoria, per calcolare un allineamento multiplo perfetto sarebbe necessario eseguire un gran numero di allineamenti a coppie, o comunque, qualsiasi tecnica che richieda un gran numero di computazioni.
Per questo motivo, tutti i tool di allineamento multiplo in circolazione adottano delle strategie di semplificazione, come accade anche per blast e per altre cose in bioinformatica.
In clustalw, la prima sequenza nel file di input viene presa ed allineata a coppie con ognuna delle altre sequenze. Immagina di dover allineare delle sequenze chiamate A, B, C, D: clustalw calcolerebbe (A-B), (A-C), (A-D), ma non per esempio (B-C).
Con il risultato di questo primo allineamento, viene costruito un albero filogenetico, che serve da scheletro per allineare le altre sequenze.
In questo modo l'allineamento viene eseguito piu' velocemente: pero', c'é il rischio che l'albero filogenetico calcolato inizialmente non sia corretto, e vengono saltati dei confronti (come B-C) che potrebbero contenere altre informazioni. Insomma, in clustalw una delle sequenze viene presa come referenza, senza pero' nessuna giustificazione implicita.
C'é anche da dire che clustalw puo' accettare alberi filogenetici definiti dall'utente, quindi se devi allineare sequenze di organismi di cui giį conosci la filogenia, clustalw puo' andare bene.
T-coffee cerca di ovviare al problema di clustalw eseguendo sempre degli allineamenti a coppie iniziali, ma prendendo sequenze a caso. Ovvero, viene creata prima una libreria di allineamenti a coppie, in cui si cerca di identificare motivi a proprietį importanti (per esempio, il residuo 10 é sempre allineato in tutte le sequenze, e cosķ via - vedi qui) prima di costruire l'allineamento multiplo.
Grazie a questo, t-coffee é capace di integrare efficacemente anche informazioni sulla struttura secondaria/terziaria, su motivi di regolazione, e molte altre cose. |
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domi84
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dallolio_gm
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Inserito il - 16 aprile 2009 : 23:47:37
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ma l'ho scritto piuttosto frettolosamente, e non sono sicuro che sia del tutto giusto... se qualcuno ha delle correzioni da fare, sono benvenute.
Per esempio, non sono sicuro che anche T-Coffee costruisca un albero filogenetico interno, ma credo che proceda per passaggi graduali fino a creare l'allineamento multiplo.
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echteseele
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9 Messaggi |
Inserito il - 27 settembre 2009 : 22:37:39
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Ciao, qualcuno i voi potrebbe gentilmente spiegarmi a cosa si rifesce il punteggio che TCoffee da alla singole sequenze? Ho capito che c'entra con l'allineamento ma č una scala indicativa che dice quanto variano tra loro le sequenze? Va da 0 a 100?
grazie |
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echteseele
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dallolio_gm
Moderatore
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2445 Messaggi |
Inserito il - 28 settembre 2009 : 10:50:41
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| Perfetto, grazie per aver compartito la risposta!! :-) |
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