| Autore |
Discussione |
|
|
Ultraviolet
Nuovo Arrivato
Prov.: Salerno
Città: Campagna
8 Messaggi |
 Inserito il - 17 giugno 2004 : 16:27:58
|
Salve a tutti ragazzi...
sono una collega al II anno di Biotecnologie per la salute, indirizzo medico del Federico II di Napoli...
lunedi 21 devo sostenere l'orale di bioinformatica, purtroppo ho del materiale insufficiente riguardo la materia e un libro a dir poco insignificante....
qualcuno di voi potrebbe aiutarmi in tempo reale?
Scusatemi se mi sono intromessa nel vostro forum...l'ho trovato in google!
grazie mille a tutti e in bocca al lupo per gli esami!
aspetto con ansia una vostra risposta
ciaooooooooooo
|
kiss |
|
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 18 giugno 2004 : 09:40:43
|
E perchè dovresti scusarti??? Siamo qui apposta!
Facci sapere cosa ti serve di preciso e risponderemo al più presto!
nICO |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
 |
|
|
atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 18 giugno 2004 : 14:35:09
|
Infatti: siamo qui per questo.
Per aiutarci tra noi, per avere e condividere materiale.. etc etc..
Facci sapere cosa ti serve,
Riky |
MolecularLab.it - Animazioni, News, didattica & Community su bioinformatica, biologia molecolare ed ingegneria genetica.
BUONE REGOLE DEL FORUM:
- Prima di postare qualunque cosa leggere il Regolamento!
- Hai provato a cercare prima di postare il tuo problema? |
|
|
|
Ultraviolet
Nuovo Arrivato
Prov.: Salerno
Città: Campagna
8 Messaggi |
Inserito il - 18 giugno 2004 : 16:21:24
|
Ciao!!!
Sono molto contenta ke mi abbiate risposto!! Davvero!!
dunque mi servirebbe un po di materiale di bioinformatica...cerco di riassumervi gli argomenti
-Sistemi operativi e uso di computer in Biologia
Architettura di un elaboratore
Reti locali, TCP/IP ed Internet
Linguaggi di programmazione
-Produzione di sequenze e loro manipolazione
Manipolazione di sequenze biologiche
-Principali database biologici e metodi di interrogazione
Database biologici e metodi di interrogazione
-Progetti di sequenziamento su larga scala e annotazione di genomi
Sequenziamento di genomi e loro annotazione
-Proteine e loro evoluzione
Analisi di sequenze proteine e loro evoluzione
Concetti generali sull'uso di immagini in biologia
Metodi per l'analisi di immagini in biologia
Questo sarebbe il programma del prof...
e queste sono alcune delle domande che sono uscite allo scritto:
-cosa sono le catene di Markov?
-cosa significa ke 2 geni sono paraloghi?*
-a cosa serve la funzione link in SRS?*
-cos'è un dendrogramma?*
-cos'è swissprot?
-che algoritmo è quello di Needleman e Wunsh?
-che algoritmo è quello di Smith-Watermann?
-cos'è una matrice dot-blot?
-la scansione su gel bidimensionale...*
-clustal w
-cos'è blast-p?*
-cos'è e come si effettua lo shotgun?
-a cosa servono blast e fasta?
-cosa sono gli alberi rooted?*
-nel linguaggio binario a cosa corrisponde il numero 14?*
-cos'è un linguaggio C?*
-cos'è window?
-la scala di 8 gradi di grigio...*
-cosa sono le sequenze est?
-blosum e pam
-l'e-value*
-embl
Il contrassegno per alcune domande indica la mia ignoranza più totale...il nulla eterno presente nel mio cervello, insomma!!!
Mi rendo conto ke ho scritto un casino di roba e mi sento abb imbarazzata!!! Ma è la forza della disperazione!
Mi sento impotente perchè pur volendo studiare nn so dove trovare il materiale!!!! E mi dispiacerebbe prendere un brutto voto a causa della bioinformatica (la odierei a vita!!)dato ke questo è un esame integrato costitutito di 3 parti!
Ragazzi nn so come ringraziarvi per la vostra pazienza, davvero!
Se potete nn fatemi odiare la bioinformatica!!!
Grazie mille e a prestissimo
Genny
|
kiss |
|
|
|
atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 18 giugno 2004 : 17:54:51
|
Ciao, non affronto tutto... non tutto subito..
Geni paraloghi: geni originati dalla duplicazione di un unico gene nello stesso organismo. Ad esempio alfa-globina e beta-globina umana hanno iniziato a divergere in seguito alla duplicazione di un gene globinico ancestrale.
Link in SRS: all'interno di una entry trovata con SRS, la funzione link permette di selezionare una serie di banche dati nella quale trovare informazioni relative alla entry.
Dendogramma: grafico che mostra tipicamente l'origine filogenetica di una sequenza basandosi sulle similarità di questa con le altre presenti in banca dati.
Qui in basso un dendogramma di 6 sequenze, a destra visualizzato il progenitore ancestrale di tutte le sequenze.
SwissProt: il sito di SwissProt (o meglio Expasy http://us.expasy.org/ contiene una serie di informazioni, link e tools per l'analisi di proteine, sequenze DNA, RNA e molto altro ancora.
Needleman e Wunsh: algoritmo di allineamento che sfruttando una matrice attribuisce un punteggio dinamico all'appaiamento corretto o meno, prevedendo l'introduzioni di gap.
More info qui.
Smith-Waterman: algoritmo di allineamento locale, similmente a quello di prima ha il concetto, tuttavia possiede una diversa distribuzioni dei gap per poter favorire allineamenti di un certo tipo..
more info qui.
Gel Bidimensionale: Tra le tecniche di laboratorio vi è la western, se questa viene accompagnata da una elettroforesi [Chick80 accorri in nostro aiuto!], ecco un gel in cui le macchie sono disposte secondo due criteri, massa in orizzontale e punto di isoelettrofocalizzazione (ad esempio) in verticale..
Clustalw: programma di multiallineamento http://www.molecularlab.it/bioinformatica/similarita_banche_dati.asp
Blast-p: blast che viene effettuato sulle banche proteiche, cercando un match tra una sequenza proteica fornita e la banca dati
Shot-Gun: Tecnica usata per il clonaggio di lunghe sequenze/genomi vedi la sezione Multimediale sul Progetto Genoma, dove spiega molto bene cos'è e come funziona.. http://www.molecularlab.it/interactive/progetto%20genoma/index.asp
blast e fasta: blast è un algoritmo di match e allineamento usato sul sito NCBI, fasta è un formato di una entry:
>Commento,nome identificativo.. si inserisce quello che vuoi, sotto la seq
AACCCTTCCGGAAACATCATACTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCATAGCTA
AATCGATCGATCGATCGATCGATCG
ATCGATCGCTAGCTCAGCATACG
alberi rooted: tipologia di grafico mostrante la filogenesi (deve essere molto simile al grafico spiegato sopra..)
14 in binario: in matematica è un sistema che prevede come uniche cifre 0 1, usato in informatica, per scrivere su hard disk, per il contenuto delle immagini, etc... sotto dall'olio ti ha già spiegato meglio ;-)
linguaggio c: forma di linguaggio di programmazione, ad alto livello così che il programmatore possa indicare alla macchina, il computer quali operazione fare. Questo sito è in ASP, un linguaggio specifico per il web, che si appoggia ad altri linguaggi il VBScript..
Windows: fineste... un sistemo operativo.. spesso molto scamuffo, pieno di bug e pericolosi buchi, soprattutto se non aggiornato... ultimamente la Micro$oft si sta dando da fare per fornire una serie di patch di sicurezza che il più degli utenti non installa e per la paura che gli venga sgamata la versione cracckata che possiede (Windows Update, che consiglio a tutti.. non lo fa... dunque aggiornate il vostro SO per permettere una amggior3e sicurezza, non farvi installare virus, trojan e altre codici malevoli).
Consigliato un futuro Upgrade a Linux.. che è gratuito, sicuro, e sempre più al passo come hardware e software..
8 gradi di grigio: nel salvare l'immagine, è possibile far si che vengano salvati solo 8 livelli di grigio: il massimo sarà un nero, il minimo un bianco...
Sequenze EST: Sequnze espresse marcate Expressed Sequence tagged una serire di sequenze espresse codificatre e memorizzate in banche dati apposite, prima di vernire ulteriormente studiate e analizzate nelle varie forme mRNA DNA e proteica..
e-value: Corrisponde al valore atteso, stabilisce il livello di significatività dell'allineamento. Nel modello di interrogazione di Karlin e Altschul, indica il numero di corrispondenze che ci si dovrebbe attendere sulla base di una estrazione randomizzata.
Il campo di variazione di E è 0 < E < = 1000
Più è basso, e migliore sarà il match (a parità di Score, ovviamente)
EMBL:European Molecular Biology Laboratory sito europeo di biologia molecolare, presenti tutti i tools già presenti nel sito NCBI (che ne è la versione degli stati uniti). Possiede blast ed ulteriori tools, come lo stesso SRS
blosum e pam: differenti matrici nel programma di allineamento..
Uff... sono pittusto cotto, dopo tutte queste info... eheh
Vado a mangiarmi del cioccolato per rifarmi.. ok sono le 19, quasi ora di mangiare.. ma per il cioccolato c'è sempre spazio.. 
Please completatemi.. 
Riky |
MolecularLab.it - Animazioni, News, didattica & Community su bioinformatica, biologia molecolare ed ingegneria genetica.
BUONE REGOLE DEL FORUM:
- Prima di postare qualunque cosa leggere il Regolamento!
- Hai provato a cercare prima di postare il tuo problema? |
|
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 giugno 2004 : 18:03:20
|
Ehm..
A cosa corrisponde 14 in scala binaria:
esattamente a 1110 se non mi sbaglio: infatti 14 equivale a 0+2+4+8, cioè: 0*2^0 + 1*2^1 + 1*2^2 + 1*2^3
-Swiss-Prot è anche un database (appunto ospitato dal server expasy.org) che raccoglie tutte le sequenze nucleotidiche che abbiano almeno un riferimento in letteratura. Mentre il database pdb.org raccoglie i files cristallografici (che sono all'incirca minori di un ordine 10 rispetto alle sequenze su swiss-prot) ed altri database come GeneBank raccolgono tutte le sequenze conosciute, anche quelle di cui non si conosce la funzione, ma solo la sequenza (a loro volta che queste sono maggiori di circa 10 volte rispetto a quelle su Swiss-Prot), questo database raccoglie le sequenze delle quali ci siano pubblicazioni e mette a disposizione varie informazioni, quali appunto di riferimenti in letteratura, le funzioni, i siti di modificazione (fosforilazione, acetilazione) e di legame (esempio con nucleotidi) conosciuti.
l'elettroforesi bidimensionale consiste nel far correre lo stesso campione due volte, in base a due gradienti differenti e ruotando il gel dopo la prima corsa. Ad esempio, io ho un campione di proteine: lo faccio correre prima in un gradiente di carica (in un solo pozzetto ad un lato del gel); dopodichè, ruoto il gel di 90° e lo faccio correre secondo la massa o qualche altra cosa. Così, alla fine avrò separato il mio campione in base alla massa ed alla carica. Sempre su Expasy.org, trovi un database che raccoglie i gel bidimensionali di alcune proteine, si chiama SWISS-2DPAGE, e trovi un esempio qui: http://au.expasy.org/cgi-bin/nice2dpage.pl/def?Q96SN8. Quando fai una ricerca sul database Swiss-Prot, se esiste il gel bidimensionale di quella proteina, lo trovi indicato nelle Cross-References, in genere alla fine.
Per alberi root credo che intenda il modo in cui sono organizzati Internet e gli Hard Disk dei computer (e tante altre cose... purtroppo un informatico te lo spiegherebbe meglio)
In pratica esiste una radice principale (il C:\ del tuo computer, oppure www (forse) in Internet) e tutte le altre cose sono immagazzinate al'interno di essa, oppure in sottocartelle che a loro volta sono comprese in essa. Un vantaggio di questo tipo di organizzazione sono che per raggiungere un file, dalla posizione alla quale ti trovi, non sei obbligato a ripartire dalla radice principale ogni volta, ma basta che arrivi alla prima cartella che avete in comune e da lì risalire. Boh, adesso chiedo ad un mio amico Ingegnere Informatico...
Fasta è un formato utilizzato dai programmi di bioinformatica per le sequenze di proteine. Come vedi nell'esempio di Atreliu, c'è una riga iniziale in cui si può scrivere un commento (in genere il nome della proteina), che non viene letto dai programmi, dopodichè su ogni riga sono scritte le sequenze polipeptidiche della proteina, ed ogni aminoacido è indicato secondo il codice ad una lettera. E' semplicemente un formato che facilita la vita del programmatore, che così non si deve assicurare ogni volta che le sequenze siano scritte nello stesso modo, ad una lettera e maiuscole, senza spazi o commenti che non c'entrano niente.. Infine puoi notare che ogni catena è scritta su una singola riga, e si va a capo solo per cambiare catena (a volte quando la finestra è piccola sembra essere diversamente, ma è così)
Accidenti non è facile... sembrano domande in professoresco. Forse vuole sapere qualcosa che corrisponde esattamente a quello che ha detto lui.. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
|
Ultraviolet
Nuovo Arrivato
Prov.: Salerno
Città: Campagna
8 Messaggi |
Inserito il - 19 giugno 2004 : 17:44:07
|
Ragazzi siete mitici davvero!!!!
Grazie grazie grazie...per tutto quello ke state facendo per me!!!
Davvero!!!
cmq potete trovarmi anke in msn allo stesso indirizzo di posta...
magari facciamo 2 chiacchiere!!!
davvero nn so come ringraziarvi!!
tanti baci!!
Genny |
kiss |
|
|
|
Ultraviolet
Nuovo Arrivato
Prov.: Salerno
Città: Campagna
8 Messaggi |
Inserito il - 19 giugno 2004 : 17:51:57
|
ps penso di riconnettermi stasera sul tardi e domani prima di tornare a Napoli...perchè per ovvi motivi di distanza abito lì!!!
Ciao  |
kiss |
|
|
|
Ultraviolet
Nuovo Arrivato
Prov.: Salerno
Città: Campagna
8 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2004 : 12:28:32
|
Grazie ancora ragazzi!!
al più presto vi farò avere notizie di come è andato l'esame
vi sono davvero grata
a prestissimo
Genny |
kiss |
|
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2004 : 14:16:01
|
| In bocca al lupo! |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
|
Vision82
Nuovo Arrivato
Città: Roma
29 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2004 : 14:58:29
|
| Forse arrivo troppo tardi.... ma ti linko le diapositive delle nostre lezioni di bioinformatica...magari serviranno a qualcuno prima o poi, le trovi Qui |
 |
|
|
|
Ultraviolet
Nuovo Arrivato
Prov.: Salerno
Città: Campagna
8 Messaggi |
 Inserito il - 23 giugno 2004 : 11:28:48
|
no!
purtroppo per me nn arrivi tardi!!!
dovevo sostenere l'orale venerdì 25, ma ieri sono venuta a conoscenza di una realtà sconvolgente!!!
di solito in un esame composto da scritto e orale lo scritto dovrebbe essere solo indicativo...o mi sbaglio?
é all'orale ke si riconosce se davvero una persona ha studiato...
invece proprio quello s....o di bioinfo (tra l'altro la parte ke occupa il suo esame è solo 1/3)ci ha reso la vita difficile!!!
Insomma le persone con un scritto medio (come il mio)nn possono aspirare a un voto decente, ma nn perchè nn ci arrivano con il cervello, solo perchè questo lo ha stabilito lui!!!!!
Siccome io ho studiato e tanto nn mi va di ritrovarmi con un miserabile 22-23 solo per colpa sua!!!!
Sono davvero avvilita e demoralizzata!
Tanti sacrifici per nulla ...
questa è la squallida situazione in cui mi trovo, adesso andrò a rifare lo scritto il 13 luglio e stavolta cercherò di farlo benissimo...dato ke è lo scritto ke ti fa entrare nell'olimpo degli aventi diritto a un voto decente!!!!
quindi se avete per caso qualche altra cosa da mandarmi l'accetto volentieri!
Grazie ragazzi
Genny (la sfigata ) |
kiss |
|
|
|
atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 23 giugno 2004 : 12:15:49
|
Mannaggia... questi proffe che ci fan disperare...
Ad ogni modo... non ci resta che darci da fare...
 |
MolecularLab.it - Animazioni, News, didattica & Community su bioinformatica, biologia molecolare ed ingegneria genetica.
BUONE REGOLE DEL FORUM:
- Prima di postare qualunque cosa leggere il Regolamento!
- Hai provato a cercare prima di postare il tuo problema? |
|
|
|
z4r1u5
Nuovo Arrivato
56 Messaggi |
 Inserito il - 23 giugno 2004 : 13:36:43
|
quanto ti kapisko violet!!!!
io ho avuto lo stesso problema kon l'esame di fisika....un corso ke qua a pg e' rganzzato malissimo, sottodiviso in moduletti del kavolo, kon un professore rinkoglionito e ke spiega a kaz...per di piu le prove(solo skritte) sono di una demenza senile kronika ke manko te ne fai un'idea....
purtroppo di korsi kosi ci sono, io per sbrigarmi mi sono tenuto il 23, tanto sti kavoli, i korsi fatti male nono meritano tanta attenzione
grrrrrrrr 
ciaos! |
|
|
|
Ultraviolet
Nuovo Arrivato
Prov.: Salerno
Città: Campagna
8 Messaggi |
Inserito il - 15 luglio 2004 : 23:55:58
|
ciao ragazzi!!!
vi ricordate di me?
ebbene con oggi è finito il mio incubo BIOINFO!!!
allo scritto del 13 ho preso 39/45 ke in trentesimi equivale a 26...
all'orale OVVIAMENTE mi ha abbassato il voto a 23però mi sono rifatta con gli altri 2 esami ke componevano il modulo!
alla fine ho preso 25!!!!
lo so ke ero partita da 26 e che avrei potuto prendere un voto più alto ma SINCERAMENTE va benissimo cosi!!!
ero arrivata all'esasperazione più totale e affrontare un esame ke odi e ke ti ha trattenuto sui libri mentre gli altri andavano gia al mare nel giorno del tuo compleanno nn è il massimo!!!
sono contenta davvero
grazie ancora e buone vacanze a tuttiiiiiiiii...
Genny |
kiss |
|
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 luglio 2004 : 19:19:37
|
Complimenti!!
Dai la bioinformatica non è poi così cattiva!!
Se vuoi ti insegnamo ad usare qualche altro programma. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
|
z4r1u5
Nuovo Arrivato
56 Messaggi |
Inserito il - 16 luglio 2004 : 22:33:01
|
hehehe....
si, del tipo: "perche' non vieni a casa mia a vedere la mia collezione di modelli bioinformatici"
(la collezione di farfalle e' passata di moda)!!!
ao! cmq sto scherzando eh!
ciao e buone vacanze!
|
|
|
|
Ultraviolet
Nuovo Arrivato
Prov.: Salerno
Città: Campagna
8 Messaggi |
 Inserito il - 16 luglio 2004 : 23:05:53
|
No!!
Per carità!!!
proponetemi di tutto ma nn parlatemi di bioinformatica e di modelli bioinformatici... Nn ne posso proprio più!!!!
ho ancora gli incubi....
ahhhhhhhhh!!!!!
Buone vacanze a tutti
Grazie 
|
kiss |
|
|
|
assia
Nuovo Arrivato
Città: caserta
2 Messaggi |
Inserito il - 29 luglio 2004 : 11:30:06
|
..........hola collllllllllllleeeeeeeeeeeghiiiiiiiiiiiì!!!!!!!!
..mi sn appena unita a voi!!!!!!
..mi kiamo assia & il 21 settembre kiudo il mio secondo anno di biotecnologie!
oggi ho fatto l'esame di farmacologia...28!..adesso mi rilasso un poketto&poi si parte con genomika!
...un megabacio a tutti & BUONEVAKANZE!!!!!
...CIAO BONAZZJ!
|
..nausjkàa ;-) |
|
|
| |
Discussione |
|
ciao a tutti
Guide tools online
