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fortuna
Nuovo Arrivato
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 Inserito il - 03 febbraio 2010 : 16:58:53
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Cari tutti avrei un grosso problema da sottoporre all'attenzione di tutti gli esperti bioinformatici di rete!Ho un problema con l'installazione di MOLMOL sotto linux. Io ho la distribuzione fedora di linux; ho provato a seguire le istruzioni per l'installazione allegate al pacchetto MOLMOL, ma non riesco ad installarlo!Avrei bisogno di qualche libreria particolare di cui non dispongo? Grazie per l'aiuto!Ne ho davvero bisogno e mi serve installarlo sotto linux per forza!
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chick80
Moderatore
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11491 Messaggi |
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fortuna
Nuovo Arrivato
Città: caserta
8 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2010 : 23:40:16
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Ciao chick80, grazie per avermi risposto! io lo spacchetto, perchè è zippato e poi do il comando install +nomeprogramma come scritto nel readme allegato, ma non succede nulla. Ti premetto che non sono molto pratica del sistema linux, ma questo programma mi sta facendo davvero impazzire! tu usi molmol?l'hai installato su linux? |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 04 febbraio 2010 : 08:08:59
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Ho provato a installarlo sotto Fedora e sono QUASI riuscito a farlo funzionare.
Purtroppo il programma è piuttosto vecchio e quindi devi fare vari cambiamenti per farlo funzionare.
La gran parte delle istruzioni le trovi qui (per Ubuntu):
http://blog.louic.nl/?cat=30
Ti riscrivo qui sotto le istruzioni per Fedora (è praticamente identico, cambiano solo i nomi di alcune librerie)
Io ho dovuto installare queste librerie: mesa-libGLw lesstif-devel e libXpm-devel. Tu potresti avere bisogno di altre...
Per installare i pacchetti puoi usare il tuo gestore preferito, io uso yum (NOTA: hai bisogno di privilegi da amministratore)
sudo yum install mesa-libGLw lesstif-devel libXpm-devel
Dopodichè fai così:
1) scarica il file molmol-2k.2.0-src.tar.gz da ftp://ftp.mol.biol.ethz.ch/software/MOLMOL/unix-gzip/
2) scompatta il file in una directory a tua scelta (il Desktop va benissimo).
3) apri la cartella e rinomina il file makedef.lnx in makedef (NOTA: io vedevo tutti i files come read-only, lo capisci dal lucchettino che appare vicino a ciascuna icona. Se è così seleziona tutto, click destro, properties e nella scheda permission metti read and write a tutti i files, altrimenti non li potrai modificare)
4) poi fai doppio click su makedef (si aprirà con il tuo editor preferito) e cancella queste righe (sono proprio all'inizio):
MISSFUNC = -Dsqrtf=sqrt -Dexpf=exp -Dlogf=log -Dpowf=pow \
-Dsinf=sin -Dcosf=cos -Dtanf=tan \
-Dasinf=asin -Dacosf=acos -Datanf=atan -Datan2f=atan2 \
-Dfabsf=fabs -Dceilf=ceil
5) più sotto trovi una riga che dice
WAIT = /usr/bin/sleep 2
cambiala in
WAIT = /bin/sleep 2
6) Apri il file src/os/GFile.c e aggiungi la riga
#include <errno.h>
sotto
#include <stdlib.h>
Poi alla riga 85 cambia
msg = sys_errlist[errno];
in
msg = strerror(errno);
7) ora apri un terminale e vai nella cartella dove hai scompattato il file ad es:
cd ~/Desktop/molmol
8) scrivi
make
Ci saranno un sacco di scritte che appaiono sullo schermo... attendi che abbia finito e poi:
Se questo comando non ti ha dato degli errori strani (cioè se non hai visto delle scritte ERROR apparire...) dovresti avere compilato il programma!
9) scrivi
cd src/main
strip molmol
10) a questo punto in teoria dovrebbe essere possibile far partire... a me dà uno strano errore (menubar not found...) prova a vedere se hai più fortuna, io ci riprovo e ti faccio sapere
ciao |
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fortuna
Nuovo Arrivato
Città: caserta
8 Messaggi |
 Inserito il - 05 febbraio 2010 : 15:50:45
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Ho eseguito la procedura di installazione come suggerita, ma quando dò il comando make mi compare il seguente messaggio:
make tools sg src TARGET=default
make[1]: Entering directory `/home/nmr/Scrivania/molmol'
cd tools; make default
make[2]: Entering directory `/home/nmr/Scrivania/molmol/tools'
make src TARGET=default
make[3]: Entering directory `/home/nmr/Scrivania/molmol/tools'
cd src; make default
make[4]: Entering directory `/home/nmr/Scrivania/molmol/tools/src'
/usr/bin/gcc -I../../tools/include -O2 -I../../tools/include -c -o Break.o Break.c
make[4]: /usr/bin/gcc: Command not found
make[4]: *** [Break.o] Error 127
make[4]: Leaving directory `/home/nmr/Scrivania/molmol/tools/src'
make[3]: *** [src] Error 2
make[3]: Leaving directory `/home/nmr/Scrivania/molmol/tools'
make[2]: *** [default] Error 2
make[2]: Leaving directory `/home/nmr/Scrivania/molmol/tools'
make[1]: *** [tools] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/nmr/Scrivania/molmol'
make: *** [default] Error 2
...quindi mi compaiono i famosi ERROR di cui parlavi!Di che si tratta???come risolvo il problema???  grazie |
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2010 : 16:01:44
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Citazione:
/usr/bin/gcc: Command not found
Questo significa che devi installare il programma 'gcc', lo puoi fare facilmente con il package manager della tua distribuzione (e.g. synaptic, yum) |
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dallolio_gm
Moderatore
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2445 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2010 : 16:10:12
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Ma hai proprio bisogno di utilizzare molmol?
Ti consiglio vivamente di provare una alternativa piu' recente. molmol non è piu' aggiornato da anni, non ci sono né mailing lists né strumenti di bug reporting, e l'autore non si é nemmeno degnato di fare un tar.gz decente. Che cosa devi fare esattamente? |
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fortuna
Nuovo Arrivato
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8 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2010 : 17:03:56
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io utilizzo molmol per l'analisi di strutture via NMR e non conosco altri software di visualizzazione strutture compatibile con i file del calcolo strutturale. Se ce ne sono di migliori fatemi sapere.
Comunque ho installato il programma gcc e ridato il comando make. Stavolta gli errori sono i seguenti:
/usr/bin/ld: skipping incompatible /usr/lib/libX11.so when searching for -lX11
/usr/bin/ld: cannot find -lX11
collect2: ld returned 1 exit status
make[4]: *** [molmol] Error 1
make[4]: Leaving directory `/home/nmr/Scrivania/molmol/src/main'
make[3]: *** [main] Error 2
make[3]: Leaving directory `/home/nmr/Scrivania/molmol/src'
make[2]: *** [default] Error 2
make[2]: Leaving directory `/home/nmr/Scrivania/molmol/src'
make[1]: *** [src] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/nmr/Scrivania/molmol'
make: *** [default] Error 2
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dallolio_gm
Moderatore
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Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 05 febbraio 2010 : 17:13:52
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e che formato é?
Anche rasmol era capace di leggere risultati di NMR in files pdb. Se pubblichi dei risultati calcolati con un software del 1996, quanto pensi che il tuo esperimento sia riproducibile? |
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fortuna
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Inserito il - 05 febbraio 2010 : 17:38:23
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Certo che i files di struttura sono in PDB, ma quando mando i calcoli strutturali, ho dei file con estensione .cor (nel menù di molmol c'è il comando read DG file) che non so se sono letti anche da altri software. La struttura finale ovviamente è in pdb e tutti possono vederla, dopo che sia stata depositata!
Ma per gli errori che ho scritto, nessuno può darmi una mano? grazie! |
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chick80
Moderatore
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fortuna
Nuovo Arrivato
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Inserito il - 05 febbraio 2010 : 17:59:14
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Grazie mille! ora non mi dà più errori!Dopo ho provato a seguire ciò che dice il punto 9 ma dopo aver digitato
[nmr@localhost molmol]$ cd src/main
[nmr@localhost main]$ strip molmol
non parte nulla!!!!, nè mi dà alcun errore |
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dallolio_gm
Moderatore
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Inserito il - 05 febbraio 2010 : 18:05:44
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Citazione:
[nmr@localhost main]$ strip molmol
non parte nulla!!!!, nè mi dà alcun errore
Questo è normale, strip non produce nessun output.
Il comando per lanciare molmol dovrebbe essere differente, tipo:
./molmol |
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fortuna
Nuovo Arrivato
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Inserito il - 05 febbraio 2010 : 18:41:17
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Finalmente col vostro aiuto sono riuscita a vedere almeno la schermata di molmol!!!!ma ovviamente c'è un altro problema: quando avvio molmol, in una finestra compare la scritta:"menubar file could not be opened, check installation (setting of MOLMOLHOME)"
Qualcuno sa cosa significa questo problema???? |
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chick80
Moderatore
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chick80
Moderatore
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Inserito il - 07 febbraio 2010 : 09:26:36
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Trovata la soluzione!
Devi anche scaricare il file
ftp://ftp.mol.biol.ethz.ch/software/MOLMOL/unix/molmol-2k.2.0-doc.tar.Z
e scompattarlo nella stessa cartella dove hai il resto
A questo punto:
1) rinomina il file molmol nella sottocartella src/main in molmol.lnx
2) copia il file molmol.lnx nella cartella "base" dove hai scompattato tutto
3) nel terminale scrivi:
./INSTALL
4) nella cartella base c'è un file che si chiama molmol. Aprilo e cambia la prima riga in:
#!/bin/sh
Poi vai verso il fondo e CANCELLA questa parte (è verso la fine)
if [ -n "$nograph" ]; then
MOLMOLDEV=TTY/NO
elif [ -n "$MOLMOLDEV" ]; then
true # already set
elif [ -n "$localdev" -a \( $display = ":0" -o $display = ":0.0" \) ]; then
MOLMOLDEV=$localdev
elif [ -x $xdpy ]; then
xdpyout=`$xdpy -d $display 2>&1 | egrep 'GLX|unable'`
case $xdpyout in
*unable*) MOLMOLDEV=TTY/NO
nograph=y
continue;;
*GLX*) if [ -n "$glxdev" ]; then
MOLMOLDEV=$glxdev
fi
continue;;
esac
fi
5) salva il file
6) ora puoi far partire molmol digitando
./molmol
Wow... è stato un po' un parto! |
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