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Autore

Discussione

bububebè
Utente Junior

Prov.: Na
Città: Napoli

255 Messaggi

Inserito il - 16 febbraio 2010 : 19:34:08

Ragazzi ho fatto il test, e ci sonp delle cose che mi hanno mandato letteralmente in tilt anche perchè non so dove trovare le risposte.. x questo vi chiedo una mano (entro domani please) su:
- Cosa comporta un valore alto di "gap penality extended";
- Esecuzione in fastA;
- A cosa si riferisce la "extreme distrubution";
- Come viene inserita in Needle la matrice di sostituzione

Aiutatemi please

★°•. єѕтяєℓℓα .•°★

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 17 febbraio 2010 : 18:34:32

Va bene, peró se cerchi nell'archivio del forum trovi che queste domande sono giá state poste.

Citazione:
- Cosa comporta un valore alto di "gap penality extended";

vuol dire che verranno sfavorite tutte le delezioni piu' lunghe di una base

Citazione:
- Esecuzione in fastA;

Qual é la domanda? Fasta é un programma per allineare sequenze, sviluppato prima di blast ma sempre con l'obiettivo di eseguire allineamenti rapidi.

Citazione:
- A cosa si riferisce la "extreme distrubution";

mmm in che contesto?

Citazione:
- Come viene inserita in Needle la matrice di sostituzione

Immagino che ti riferisci a questo:
- http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/align/index.html
Basta selezionare la matrice dal menú a tendina chiamato 'Matrix'. Per inserire matrici customizzate, bisogna scaricare il comando dal sito di emboss ed eseguirlo in locale.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)