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anty77
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 Inserito il - 17 febbraio 2010 : 12:22:00
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Vorrei scrivere uno script in python che accetti in input un file di sequenze nucleotidiche
in formato FASTA e restituisca in output un file contenente,per ogni sequenza, la
lista degli anticodoni necessari per la traduzione,supponendo che la lettura
avvenga nell'ordine 5'->3'.
Qualcuno mi potrebbe, gentilmente, aiutare?
Grazie mille
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dallolio_gm
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anty77
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 17 febbraio 2010 : 14:58:20
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perchè mi serve per svolgere un esercizio!! |
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 17 febbraio 2010 : 18:29:14
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Mi dispiace, ma penso che dovresti leggere il regolamento del forum :-)
Prova a postare il codice che hai scritto fino ad adesso, o a descrivere quali librerie hai intenzione di usare e con quale approccio. Prova a descrivere il programma che scriverai in 4-5 punti, indicando come si potrebbero implementare. Se non fai questo, non ti potremo risponderti, il sommo Atreliu ci proibisce di risolvere problemi partendo da 0 :-) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 17 febbraio 2010 : 18:36:55
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| Rileggendo la tua domanda comunque mi sono reso conto che la risposta che ti avevo dato prima non era corretta... E' abbastanza semplice, devi solo dividere la sequenza in triplette e calcolare il complementare. |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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MB
Nuovo Arrivato
58 Messaggi |
Inserito il - 17 febbraio 2010 : 21:15:47
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non ho capito bene neanche io il problema.. devi fare un programma che faccia il complementare invertito?
Se è così devi fare come dice dallolio invertire la stringa..
della serie...
INPUT:
>fasta
AAATTTGGG
OUTPUT:
CCC AAA TTT |
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anty77
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 17 febbraio 2010 : 21:50:41
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ad esempio potrei iniziare cosi per leggere il file e stamparlo:
from Bio import seqIO
handle = open("file.fasta")
for seq_record in SeqIO.parse(handle, "fasta") :
print seq_record.id
print seq_record.seq
print len(seq_record.seq)
handle.close()
il file fasta potrebbe essere in questo modo:
>gi|179370:32-751
ATGGCGCACGCTGGGAGAACAGGGTACGATAACCGGGAGATAGTGATGAAGTACATCCATTATAAGCTGT
CGCAGAGGGGCTACGAGTGGGATGCGGGAGATGTGGGCGCCGCGCCCCCGGGGGCCGCCCCCGCGCCGGG
CATCTTCTCCTCGCAGCCCGGGCACACGCCCCATACAGCCGCATCCCGGGACCCGGTCGCCAGGACCTCG
CCGCTGCAGACCCCGGCTGCCCCCGGCGCCGCCGCGGGGCCTGCGCTCAGCCCGGTGCCACCTGTGGTCC
ACCTGACCCTCCGCCAGGCCGGCGACGACTTCTCCCGCCGCTACCGCCGCGACTTCGCCGAGATGTCCAG
GCAGCTGCACCTGACGCCCTTCACCGCGCGGGGACGCTTTGCCACGGTGGTGGAGGAGCTCTTCAGGGAC
come faccio a dividere le sequenze in triplette?
Grazie a tutti per la disponibilità |
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 18 febbraio 2010 : 18:09:31
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Prima di tutto scriviti una funzione di test:
def test_list_anticodons():
seq1 = 'AAAACTACT'
expected_result = ('TTT', 'TGA', 'TGA')
assert list_anticodons(seq1) == expected_result
Quando hai definito uno o piú test, puoi iniziare a scrivere il codice. Un test é un esempio di quello che ti aspetti di vedere come output della tua funzione, dato un certo input.
Per esempio io ho capito che se do in pasto alla tua funzione la stringa 'AAAACTACT' ottengo la tupla ('TTT', 'TGA', 'TGA'), e se questo é sbagliato vuol dire che non ho capito il tuo esempio.
def list_anticodons(seq):
"""given a sequence, return the list of tRNA anticodons"""
pass
Penso che in biopython non vi sia una funzione per ottenere le triplette direttamente dalla sequenza, cosí dovrai farlo manualmente. La maniera piu' classica per fare questo é usare le funzioni range e len:
def list_anticodons(seqfile):
"""given a sequence, return the list of tRNA anticodons"""
for seq_record in SeqIO.parse(seqfile):
# ogni "seq_record" e' un oggetto di tipo Bio.Seq, nel caso vi siano piu' di un record nella sequenza
for triplet_start in xrange(0, len(seq_record.seq), 3):
triplet = seq_record.seq[triplet_start, triplet_start+3]
print triplet
Da qui puoi continuare lavorando su 'triplet', che é una stringa di 3 caratteri.
Nota che bisogna adattare il test affinché legga un file di testo invece che una stringa.
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anty77
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 18 febbraio 2010 : 18:25:34
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Ok, grazie mille
sei stato gentilissimo
a presto |
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script biopython (traduzione e codoni)
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