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vapo
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 19 febbraio 2010 : 12:56:40

Salve sono nuova, avrei bisogno del vostro aiuto se possibile.
Mi è stato assegnato questo codice: 2QJ5 e devo recuperare le sequenze aminoacidica e nucleotidica corrispondenti; potete aiutarmi??
Non sono molto esperta e se non chiedo troppo vorrei sapere passo passo come fare.
Vi ringrazio già del vostro aiuto e mi scuso per il disturbo :)

p.s. avrei anche altri dubbi .... ma cominciamo con questo va :)

Soshi Fujiwara
Nuovo Arrivato

60 Messaggi

Inserito il - 19 febbraio 2010 : 13:03:46

Io ti consiglio di guardare su questo sito, è un database di proteine:
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

E poi di usare qualche programma tipo VectorNTI, Bioedit o Genescan per tradurre da seq. amminoacidica a nucloetidica..

stefanken
Nuovo Arrivato

39 Messaggi

Inserito il - 19 febbraio 2010 : 13:31:33

ATTENZIONE ALLA DEGENERAZIONE DEL CODICE GENETICO.... non cerchiamo di retrotradurre le sequenze aminoacidiche in nucleotidiche...
Una volta identificato il gene su PDB vai nella sezione "sequence". Li potrai trovare la sequenza aminoacidica (estratta dalla struttura e quindi possibilmente incompleta).
Per la nucleotidica puoi:
1) Cercare il nome del gene (occhio alla specie) od il suo simbolo ufficiale su NCBI gene e da li risalire al trascritto
2) Una cosa divertente potrebbe essere fare un tblastn su NCBI.
3) Fare un blastP e vedere se la sequenza proteinca che trovi è collegata ad una sequenza nucleotidica.

vabbè, puoi fare un mare di cose.
Buon divertimento
Stefano

vapo
Nuovo Arrivato

5 Messaggi

Inserito il - 19 febbraio 2010 : 13:54:14

ok .. grazie delle vostre risposte, sto provando speriamo bene :)
e invece il gene codificante la proteina come si trova??
Grazie

Soshi Fujiwara
Nuovo Arrivato

60 Messaggi

Inserito il - 19 febbraio 2010 : 15:21:22

Una volta che hai la sequenza nucleotidica usa BLAST per vedere se c'è qualche gene che la produce..

molecola84
Nuovo Arrivato

Prov.: ol
Città: ugan

88 Messaggi

Inserito il - 25 febbraio 2010 : 17:19:33

la zona codificante il gen dovrebbe essere denominata con CDS (CODING SEQUENCE)