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DoMiNo MeRcEr
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: Boscotrecase
1 Messaggi |
 Inserito il - 14 aprile 2010 : 18:58:07
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salve a tutti,
mi presento sono DoMiNo MeRcEr,sono nuovo del forum ma volevo ugualmente approfittarne (essendo rimasto molto colpito dall'efficienza esplicativa delle risposte date ad alcune discussioni) ponendo subito un quesito a chiunque di voi deciderà gentilmente di rispondermi: vorrei avere (come già si potrà evincere dall'oggetto della discussione) dei chiarimenti sulla figura professionale del bioinformatico.
innanzitutto una delle molteplici domande che pongo a me stesso è: il Bioinformatico è anche Programmatore? ovvero: studia i linguaggi di programmazione e li mette in atto?
altra domanda: quali sbocchi occupazionali può avere? sono molto interessato alla cosa quindi possibilmente vorrei saperne di più. ringrazio tutti in anticipo per la cortese disponibilità.
P.S. so solo per grandi linee cosa comporti la professione di bioinformatico,spero che chiunque di voi mi risponda possa chiarire tutti i miei dubbi in modo alquanto esaustivo. Grazie ancora in anticipo a tutti/e.
- DoMiNo MeRcEr -
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 aprile 2010 : 15:14:00
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Citazione:
vorrei avere (come già si potrà evincere dall'oggetto della discussione) dei chiarimenti sulla figura professionale del bioinformatico.
Per avere una idea di cosa faccia un bioinformatico e di quali problemi si trovi ad affrontare, puoi dare una occhiata su questo forum o su riviste come PLOS - Computational Biology
Per una idea di cosa faccia un bioinformatico, io ti raccomando di leggere anche la biografia di Margaret Dayhoff, autrice del primo metodo per calcolare un punteggio di 'similarità' tra due sequenze di proteine e considerata una pionera del campo.
Nella scienza del giorno d'oggi, il computer é diventato uno strumento sempre più importante. Innanzitutto, i dati prodotti nella letteratura scientifica vengono riorganizzati in diversi database scientifici, che li sistemano in una forma in cui sono più facilmente accessibili dai ricercatori. Ci sono database scientifici per quasi ogni tipo di entità biologica, dalle proteina ai geni, alle sequenze, pathways e metabolismi, e così via.
Inoltre, i computer servono anche elaborare questi dati. In teoria, una persona attenta potrebbe postulare una ipotesi scientifica e dimostrarla solamente studiando con attenzione i dati prodotti da altri esperimenti e organizzati nei database scientifici, senza avere bisogno di fare esperimenti in laboratorio.
Uno dei problemi più gravi nella bioinformatica é che molte persone credono che sia più semplice di quello che é, che in un mondo governato da mentalità come il Publish or Perish rende tutto ancora più difficile.
Molti ricercatori credono di poter essere capaci di ottenere dei risultati validi scientificamente in bioinformatica dopo aver seguito corsi molto brevi di programmazione, e senza sapere niente di buone pratiche di sviluppo di un software, e per questa ragione nel mondo della bioinformatica esiste una gran confusione di fondo, in cui molti database scientifici e programmi vengono abbandonati dopo la pubblicazione e in cui una gran porzione delle pubblicazioni non sono riproducibili.
Citazione:
innanzitutto una delle molteplici domande che pongo a me stesso è: il Bioinformatico è anche Programmatore? ovvero: studia i linguaggi di programmazione e li mette in atto?
Anche se personalmente non credo che sia necessario saper programmare bene per fare bioinformatica, in genere é una skill molto utile e in tutti i corsi di studio di bioinformatica vi sono alcuni crediti dedicati alla programmazione.
Si tratta però di una programmazione diversa da quella che si fa in una compagnia di sviluppo software. In genere quello che si fa in bioinfo é scrivere programmi piccoli programmi (i cosiddetti scripts) in linguaggi come Perl, Python, Bash, R, per eseguire le analisi, utilizzando tools come Makefiles per creare delle pipelines. Si preferiscono linguaggi più semplici da imparare e magari più lenti, e piuttosto che creare applicazioni che verranno utilizzate da altre persone, si scrivono programmi che verranno utilizzati solo poche volte per calcolare dei risultati, e che quindi sono generalmente meno complessi.
Citazione:
altra domanda: quali sbocchi occupazionali può avere? sono molto interessato alla cosa quindi possibilmente vorrei saperne di più. ringrazio tutti in anticipo per la cortese disponibilità.
Per quello che ne so io, la professione del bioinformatico non é ancora riconosciuta con un album professionale, almeno in Italia, però se ti fai un giro su siti come Nature/jobs o LinkedIn troverai molte offerte di lavoro e proposte per dottorato rivolte a bioinformatici.
Ora, io ormai sono stato via dall'Italia per troppo tempo e non so come sia la situazione lavorativa laggiù. Ho degli amici che sono riusciti a trovare un dottorato o una borsa come tecnico a Milano, Siena, Roma, e in altre città universitarie, e credo anche che non abbiamo dovuto faticare troppo per cercare. In ogni caso, penso che la figura del bioinformatico sarà sempre più richiesta in futuro, soprattutto perché permette di fare buona ricerca riducendo i costi e i tempi del laboratorio tradizionale. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 20 aprile 2010 : 09:34:11
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Se posso permettermi di aggiungere qualcosina al quadro ben dipinto da dallolio
e che per quel pochissimo di esperienza che ho in un Istituto che ha tra i suoi 'reparti' anche uno di bioinformatica e che, nella preparazione/competenze di chi lavora, c'è un grosso sbilanciamento sulla parte bio a discapito della componente informatica e in particolare grossissime lacune nella parte relativa all'analisi dei dati... la biostatistica che si usa in bioinformatica è particolarmente complessa e spesso ho incontrato 'bioinformatici' che a mala pena sanno cos'è la media!
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MB
Nuovo Arrivato
58 Messaggi |
Inserito il - 20 aprile 2010 : 10:34:14
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| vero...una persona sola non può sapere tutto però.. purtroppo in pochi posti capiscono che oggi i lavori si devono fare in team di ricerca, mettendo insieme le varie competenze. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 20 aprile 2010 : 10:58:28
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Onestamente mi sta costando parecchio convincere il mio capo laboratorio a passare dall'approccio 'tutti quanti cowboy-programmers' a qualcosa di piu' agile, come scrum o XP.
E questo non perchè nel mio laboratorio sia difficile proporre nuove cose: anzi, il mio capo è molto aperto a nuove idee ed approcci, ho scelto di venire in questo laboratorio proprio per questo motivo.
Il fatto è che la scienza ormai si è trasformata in un campo in cui il lavoro è molto individualistico, ognuno deve portare avanti un proprio progetto per il dottorato o per scrivere articoli con primo nome. Cosí, nessuno vuole provare tecniche in cui si debba lavorare in gruppo o in cui si possano creare problemi al momento di decidere i nomi sul paper, neanche con il dubbio che possano aumentare la produttivitá.... gli unici che perdono in questa situazione sono le persone che hanno bisogno dei risultati finali della ricerca, e quelli che pagano le tasse. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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chiarimenti sulla figura del bioinformatico!!!
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