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Stefy84
Nuovo Arrivato
64 Messaggi |
 Inserito il - 18 maggio 2010 : 12:21:39
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Ciao a tutti,
qualcuno può indicarmi un database dove trovare polimorfismi intronici di un gene di interesse? grazie
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2010 : 14:05:44
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mmm non conosco niente del genere, mi dispiace.
Comunque, che cosa intendi per polimorfismi? Se cerchi solo gli SNPs nelle regioni introniche di un gene, potresti guardare a SNPedia o Hapmap/perlgen. Ti sconsiglio di utilizzare dbSNP di ncbi, contiene molti errori. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Stefy84
Nuovo Arrivato
64 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2010 : 14:27:13
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| voglio verificare se una variazione nucleotidica che ho trovato in una sequenza è un polimorfismo descritto o meno |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2010 : 14:58:28
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Un approccio potrebbe essere quello di utilizzare il genome browser di UCSC:
- http://genome.ucsc.edu
seleziona la regione in cui si trova il tuo polimorfismo, e poi una volta nella pagina con il dettaglio della sequenza, vai in basso, dove pone 'Variations and Repeats' e seleziona SNPs (130). Riaggiornando la pagina, troverai una lista di tutti gli SNPs nella regione, e cliccando su di essi potrai avere maggiori dettagli. L'unico problema di questo approccio é che UCSC utilizza ancora dbSNP 130, mentre ultimamante é stato rilasciato dbSNP131.
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