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Gst
Utente Junior
Prov.: Roma
Città: Ariccia
143 Messaggi |
 Inserito il - 16 maggio 2010 : 11:02:45
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Ciao ragazzi.
Sto cercando di capire se la mia proteina d'interesse potrebbe essere acetilata. Mi servirebbe il vostro aiuto...
Per ora ho trovato una sola banca dati di predizione di acetilazione su proteine, ma leggendo il modo in cui è stata costruita, mi piacerebbe consultarne altre, anche per confronto, per maggiore affidabilità...
Per ora mi sono limitata a controllare che quelle predette son conservate nella mia proteina da Drosophila a homo.
Voi conoscete altre banche dati? Quale mi consigliereste?
Grazie 1000
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Ascoltami con gli occhi... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 maggio 2010 : 12:18:23
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Nel database uniprot, se ci fai caso, per ogni proteina sono indicate tutte le possibili forme di modificazione post-traduzionale.
Per esempio, guarda qui:
- http://www.uniprot.org/uniprot/Q16778#section_features
nella sezione 'Protein Features', puoi vedere che H2B possiede diverse posizioni acetilate, e per ognuna vi sono delle referenze.
Inoltre se clicchi su 'Third Party Data', in alto, sotto al titolo della proteina, puoi accedere ad una pagina che riassume il risultato di diversi predittori: adesso non mi ricordo se fra questi ve ne sia uno per la acetilazione, ma é possibile. Per qualche strano motivo, in questo momento la pagina di DAS mi da errore, ma dovrebbe essere una cosa temporanea:
- http://services.uniprot.org/uniprot-dasty/client/uniprot.php?q=Q16778&label=BioSapiens&t=3
Non ti so dire molto sulla qualità delle annotazioni sulle modificazioni post-traduzionali di Uniprot, perché non le ho mai controllate, ma posso dirti che per molte altre cose Uniprot é un ottimo database e in genere contiene dati molto accurati. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Gst
Utente Junior
Prov.: Roma
Città: Ariccia
143 Messaggi |
Inserito il - 18 maggio 2010 : 20:58:20
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Grazie 
Vado subito a controllare!!! |
Ascoltami con gli occhi... |
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Banche dati/previsione di acetilazione
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