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Autore

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alessandravb
Nuovo Arrivato

Prov.: mi

23 Messaggi

Inserito il - 22 ottobre 2010 : 17:39:43

Ho un dubbio su qsto tipo di esercizio...mi viene data la sequenza di un trascritto incognito e con BLAST devo trovare a che tipo di specie appartiene. Ottengo due match e in teoria quello con e-value uguale a zero dovrebbe avere maggiore significativit� o no?x' da come continua l'esercizio viene data rilevanza al secondo match...

qsta � la sequenza
GAGACGTCCTTTGAGTCCTCCGCATTTTGGTTCTTGGAATACGGTAGCAGGATGAGCAGCAATTTACTTC
GTGTGGCCCTCCGGGCCTCCAAGGTTCCTCAAAGGGCAGTCAGTACCTCTCCTGTGTGTGCCAAAAACAT
TGTTATTGATCAAAAACTGAGAGATGAAATTCATCCAAAAATAGGAAACCGTGAAATTGTTGGATGGGGC
CACAATGGTAATGCTTCATACTGGGACAGGAGTGAATTTCCTGCTCCTGCAATTCGTTTCAAGGAGGACA
CCCCAGATGTTTTGCAGCTCAGAGAAAAGGAGAAGGGAGACTGGAAGAGTTTGTCTTTAGATGAAAAGA
A
GCAATTGTACAGAGCCAGCTTCTGTCAGACATATGCTGAGATGAATGCTCCCACTGGTGAGTGGAAGGCA
ATGGTAGCAGCCATCTTGTTCGGTCTCACAGCTACAGGCTGGGTGATGTTCTTCATGAAGAAAGTCGTGT
ACCCACCTCCTCCCAGCACGATCACTCGTGAGTGGCAGGAGGCATCTCTACAGAGGATGCTTGACCAAGG
CCAGGGAGCCATCCAGGGCGTCTCAGCCAAATGGGACTACGACAAGTTGGAATGGAAAAACTAGACAGA
C
ATAAGCCGCTTTTTTCTTTTACAGCTCTGTTTTGCATGATGAGTCATG

io ottengo qsti risultati:

TSA: Aplysia californica unique_EST_3440, mRNA sequence 774 total score 774 64% E-VALUE 0.0 max ident 98%
Nasonia vitripennis cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 (Cox4I1), nuclear gene encoding mitochondrial protein, mRNA 71.3 71.3 total score 17% E-VALUE 7e-09 max ident 78%

alessandravb
Nuovo Arrivato

Prov.: mi

23 Messaggi

Inserito il - 23 ottobre 2010 : 10:38:08

nessuno mi sa dare una mano...

zerhos
Utente Junior

Prov.: Pisa
Citt�: Pisa

421 Messaggi

Inserito il - 23 ottobre 2010 : 16:46:50

l' "e value" � la probabilit� che l' omologia di sequenza riscontrata sia dovuta al caso, per cui pi� � basso il valore di e value e maggiore � l'attendibilit� di tale omologia
il valore 0.0 definisce livelli di omologie di quasi il 100% ed � quindi il valore che tutti si aspetterebbero di trovare quando si fa una ricerca nelle EST come hai fatto te.
� chiaro che poi il software ti da anche altre voci via via con valori di e value pi� grandi e quindi meno attendibili.

"l'unica differenza tra me e un pazzo � che io non sono pazzo!"
Salvador.Dal�