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Discussione |
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elisacarli
Nuovo Arrivato
83 Messaggi |
 Inserito il - 06 dicembre 2010 : 14:30:52
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Ciao a tutti
Ho fatto un albero filogenetico di ML e poi ho provato a fare un bootstrap.
Alcuni rami non superano il test di bootstrap (100 repliche), come ho potuto vedere sull'albero di consenso.
Non altre sequenze.
Cosa mi suggerite di fare?
grazie
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 07 dicembre 2010 : 12:49:55
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Che vuol dire che alcuni rami non hanno superato il bootstrap? Potresti fare un esempio?
In ogni caso, 100 repliche mi sembrano poche.
Per una interfaccia semplice alla creazione di alberi filogenetici, prova qui:
- http://www.phylogeny.fr/
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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caramella
Utente Junior
127 Messaggi |
Inserito il - 09 dicembre 2010 : 15:43:13
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Anch'io non capisco cosa vuol dire che non superano il test di bootstrap..
Solitamente, si prende come soglia un valore del 70% per considerare rami da moderatamente a ben supportati..
In genere comunque è consigliato fare almeno 1000 repliche di bootstrap, 100 son poco significative.. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 09 dicembre 2010 : 16:36:14
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Citazione:
In genere comunque è consigliato fare almeno 1000 repliche di bootstrap, 100 son poco significative..
Non ho mai fatto un'analisi di alberi filogenetici ma, parlando in generale, non esiste una regola generale per il numero ottimale di repliche di bootstrap.
In alcune situazioni fare più di 100 repliche non apporta alcuna informazione in più (vedi ad es. "Randomization, Bootstrap and Monte Carlo Methods in Biology", Manly, 3rd ed). |
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elisacarli
Nuovo Arrivato
83 Messaggi |
Inserito il - 10 dicembre 2010 : 15:11:46
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Intendevo dire che alcuni rami non hanno superato la soglia di bootstrap, ovvero la probabilità che esistano è inferiore alla soglia del 60-70%.
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caramella
Utente Junior
127 Messaggi |
Inserito il - 10 dicembre 2010 : 18:42:34
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Citazione:
In genere comunque è consigliato fare almeno 1000 repliche di bootstrap, 100 son poco significative..
Non ho mai fatto un'analisi di alberi filogenetici ma, parlando in generale, non esiste una regola generale per il numero ottimale di repliche di bootstrap.
In alcune situazioni fare più di 100 repliche non apporta alcuna informazione in più (vedi ad es. "Randomization, Bootstrap and Monte Carlo Methods in Biology", Manly, 3rd ed).
Chick, ti assicuro che 100 repliche di bootstrap verranno criticate da qualsiasi reviewer, non sono mai incappata in papers dove le repliche non fossero almeno 1000... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 dicembre 2010 : 19:37:19
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Ribadisco, dipende dall'applicazione che stai utilizzando, dall'accuratezza che vuoi ottenere e dall'algoritmo di bootstrapping utilizzato. Non sto parlando solo di alberi filogenetici, ma in generale.
La letteratura a riguardo è ampia, ad es.:
Better bootstrap confidence intervals - Efron 1987 mostra che per calcolare i limiti di confidenza di un parametro sono necessarie almeno 1000 repliche, ma se stai inferendo ad es. medie o errori standard via BS allora 100 repliche sono sufficienti.
Ancora in Efron and Tibshirani - 1993. An Introduction to the Bootstrap, si parla di 500 repliche come limite che va bene nella maggior parte delle situazioni.
Per quanto riguarda nello specifico gli alberi filogenetici How many bootstrap replicates are necessary? - Pattengale 2010 parla di 100-500 replicati come ottimali nella maggior parte dei casi. |
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