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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm
Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 12 luglio 2010 : 16:52:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao, da niubbo mi chiedevo che tipo di allineamento è quello condotto da Blast? Di tipo globale o locale? Immagino sia di tipo locale, dato che il programma trova le HSP e quindi le estende sino a discesa sotto un certo Score. Certo che se poi le sequenze sono altamente simili, allora l'allineamento avrà maggiore estensione e quindi si giungerà in pratica ad un allineamento globale.

Sarei grato se mi rispondeste rapidamente, ahimé questo dubbio atroce mi è venuto a meno di 18 ore dall'esame. Grazie

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 12 luglio 2010 : 16:58:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Tranquillo, l'allineamento di Blast è quello locale.
Non a caso il nome Blast significa "Basic Local Alignment Search Tool":
- http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 12 luglio 2010 : 17:02:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Che idiota che sono, non ho pensato alla sigla. Pardon, ansia pre-esame...



Mi viene un dubbio, ancora, dagli appunti di bioinformatica risulta che le matrici di sostituzione usate per gli allineamenti globali presentano solo valori positivi, le matrici di sostituzione usate per gli allineamenti locali, al contrario, ricorrono a valori positivi E negativi. Da ciò mi chiedo: posso usare una PAM o una Blosum (che presentano anche valori negativi) per gli allineamenti globali?


Grazie, gentilissimo
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2010 : 00:24:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Stai facendo un po' di confusione... le matrici per l'allineamento locale e globale sono le stesse, servono per definire la probabilità di una mutazione da un aminoacido a un altro e questo non ha niente a che fare con l'algoritmo utilizzato per l'allineamento.

le matrici PAM non possono mai avere valori negativi, perché sono in scala logaritmica, mentre le BLOSUM sono calcolate in un altro modo e possono avere valori negativi.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2010 : 00:27:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Strano, ti giuro che il mio prof fornisce come esempio una PAM250 e compaiono caselle aventi valori negativi. Dal momento che tu mi sembri molto più professionale di quello che dovrebbe essere il mio "professore", tendenzialmente credo a te. La cosa mi lascia però di stucco...

Domani vedremo cosa salta fuori...
Anzi oggi.



Saluti
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2010 : 01:15:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
accidenti, hai ragione, mi sono confuso :-) Effettivamente anche le PAM possono avere valori negativi:
- http://www.bioinformatics.nl/tools/pam.html


PAM250
   A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
A  2 -2  0  0 -2  0  0  1 -1 -1 -2 -1 -1 -3  1  1  1 -6 -3  0  0  0  0 -8
R -2  6  0 -1 -4  1 -1 -3  2 -2 -3  3  0 -4  0  0 -1  2 -4 -2 -1  0 -1 -8
N  0  0  2  2 -4  1  1  0  2 -2 -3  1 -2 -3  0  1  0 -4 -2 -2  2  1  0 -8
D  0 -1  2  4 -5  2  3  1  1 -2 -4  0 -3 -6 -1  0  0 -7 -4 -2  3  3 -1 -8
C -2 -4 -4 -5 12 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -3  0 -2 -8  0 -2 -4 -5 -3 -8
Q  0  1  1  2 -5  4  2 -1  3 -2 -2  1 -1 -5  0 -1 -1 -5 -4 -2  1  3 -1 -8
E  0 -1  1  3 -5  2  4  0  1 -2 -3  0 -2 -5 -1  0  0 -7 -4 -2  3  3 -1 -8
G  1 -3  0  1 -3 -1  0  5 -2 -3 -4 -2 -3 -5  0  1  0 -7 -5 -1  0  0 -1 -8
H -1  2  2  1 -3  3  1 -2  6 -2 -2  0 -2 -2  0 -1 -1 -3  0 -2  1  2 -1 -8
I -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2  5  2 -2  2  1 -2 -1  0 -5 -1  4 -2 -2 -1 -8
L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2  2  6 -3  4  2 -3 -3 -2 -2 -1  2 -3 -3 -1 -8
K -1  3  1  0 -5  1  0 -2  0 -2 -3  5  0 -5 -1  0  0 -3 -4 -2  1  0 -1 -8
M -1  0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2  2  4  0  6  0 -2 -2 -1 -4 -2  2 -2 -2 -1 -8
F -3 -4 -3 -6 -4 -5 -5 -5 -2  1  2 -5  0  9 -5 -3 -3  0  7 -1 -4 -5 -2 -8
P  1  0  0 -1 -3  0 -1  0  0 -2 -3 -1 -2 -5  6  1  0 -6 -5 -1 -1  0 -1 -8
S  1  0  1  0  0 -1  0  1 -1 -1 -3  0 -2 -3  1  2  1 -2 -3 -1  0  0  0 -8
T  1 -1  0  0 -2 -1  0  0 -1  0 -2  0 -1 -3  0  1  3 -5 -3  0  0 -1  0 -8
W -6  2 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4  0 -6 -2 -5 17  0 -6 -5 -6 -4 -8
Y -3 -4 -2 -4  0 -4 -4 -5  0 -1 -1 -4 -2  7 -5 -3 -3  0 10 -2 -3 -4 -2 -8
V  0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2  4  2 -2  2 -1 -1 -1  0 -6 -2  4 -2 -2 -1 -8
B  0 -1  2  3 -4  1  3  0  1 -2 -3  1 -2 -4 -1  0  0 -5 -3 -2  3  2 -1 -8
Z  0  0  1  3 -5  3  3  0  2 -2 -3  0 -2 -5  0  0 -1 -6 -4 -2  2  3 -1 -8
X  0 -1  0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1  0  0 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -8
* -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8  1

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ilary_10
Nuovo Arrivato



8 Messaggi

Inserito il - 11 aprile 2012 : 18:05:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ilary_10 Invia a ilary_10 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao!!!...scusate riguardo a blast vorrei chiedervi una cosa

come posso visualizzare un grafico (in ordinate e ascisse) che mi indichi l allineamento tra due sequenze?? bast me lo da?oppure quale altro programma??
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maister46
Nuovo Arrivato



14 Messaggi

Inserito il - 24 aprile 2012 : 17:23:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di maister46 Invia a maister46 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao raga...volevo porvi una domanda.

Una matrice PAM 50 può indicare che le sequenze hanno subito 50 eventi mutazionali o che le sequenze sono simili al 50%(non credo questo ..più Blosum è cosi)...non capisco se i 50 eventi mutazionali sono riferiti a 50 passi evolutivi..ciò che indica PAM ....BaH!

Potete aiutarmi su questo punto....GGGGRRRAZZIEEE...ciao
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