ChIP on chip: analisi dati

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roberta.s
Utente Junior

Citt�: Parigi

564 Messaggi

Inserito il - 15 maggio 2012 : 17:32:43

Ciao a tutti, qualcuno saprebbe indicarmi un programma per analizzare dati di ChIP on chip e come paragonare l'enrichment per una data regione in due microarray?
Ho fatto l'esperimento su Microarray Agilent, estratto i dati con GenePix e ottenuto i miei file excel. Vorrei adesso analizzare questi dati, ma non ho idea di come fare. Vorrei sapere come visualizzare le varie sonde sul genoma, come definire se un sito � statisticamente arricchito o no (=qual � la soglia che devo scegliere? log2 (ratio) >0?) e cosi' via.

Grazie a tutti in anticipo

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 15 maggio 2012 : 17:57:45

Che io sappia va molto di moda R + Bioconductor, ma non ho mai fatto analisi di microarray :)

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roberta.s
Utente Junior

Citt�: Parigi

564 Messaggi

Inserito il - 15 maggio 2012 : 18:27:20

� che in bioconductor si trovano vari pacchetti. ieri ho provato a scaricarne uno, ma essenzialmente non accetta il formato con cui ho effettuato lo scanning della slide ...