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Autore

Discussione

Cecilia Balestreri
Nuovo Arrivato

Prov.: Mantova

2 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2009 : 13:18:34

ciao! ho una data sequenza in FASTA e la metto nella mascherina di blast. Ora, l'esercizio mi chiede di trovare il numero di hits con significativit� E<0.1. Come faccio a cambiare il parametro E? devo modificare l'expect treshold nei parametri dell'algoritmo?
grazie

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2009 : 14:24:26

Se la mascherina a cui ti riferisci � come questa:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/BlastGen/BlastGen.cgi?taxid=9606

devi cambiare in 'Optional Parameters' il valore 'Expect'.

In ogni caso, ti conviene leggere l'help di blast.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

Cecilia Balestreri
Nuovo Arrivato

Prov.: Mantova

2 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2009 : 16:22:59

ok, ho usato un'altra mascherina. Prover� a rifare l'esercizio entrando in blast da NCBI.
grazie!!