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swami
Nuovo Arrivato
Prov.: Bari
Città: bari
11 Messaggi |
 Inserito il - 09 settembre 2008 : 10:51:48
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Ciao a tutti ragazzi, sn nuova di qui..ma non nascondo di spulciare sempre tra tutte le informazioni utili ke date..soprattutto in vista di esami.
Ora mancano davvero pochi giorni ad un esame di bioinformatica e avrei bisogno di qnk dritta...urgenteeeeeeeeee!!
1) la distribuzione poissoniana(in generale avrei bisogno di nozioni teoriche anke!!!) in particolare in questi 2 casi:
- qunado si parla della significatività dei risultati ottenuti da una analisi linguistica ke è vincolata dalla lunghezza della sequenza in esame. Se L<< D (elevato)w
dove L = dimensione della seq in esame
w = lunghezza della stringa
D = dmensioni dell alfabeto
.." è possibile assumere ke la frequenza d'uso delle stringhe seguano una distribuzione piossoniana, essendo possibile in tale ipotesi, considerare un evento raro l' occorrenza di un dato w-mero in una sew. di lunghezza L."
- ancora nel metodo del word up che ricerca motivi (sempre utilizzando l analisi linguistica)stimando la presenza di seq. statisticamente significative, non riesco a capire queste 2 assunzioni:
"La distribuzione dei nucleotidi nelle seq. osservate segue una catena di Markov di ordine 1"
" La freq degli oligont. all interno di ciascuna seq. segue una distribuzione Poissoniana"
- Ultimo grande favore, vorrei qlk maggiore info sul metodo del perceptrone o percettrone visto ke nn riesco a trovare nulla ke sia in italiano.
Vi ringrazio davvero tanto sxo ke qln mi illumini...ne ho bisogno..e in fretta!!!grazie
ciao ciao dani
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2008 : 12:20:26
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Citazione:
1) la distribuzione poissoniana in particolare in questi 2 casi:
- quando si parla della significatività dei risultati ottenuti da una analisi linguistica ke è vincolata dalla lunghezza della sequenza in esame. Se L<< D (elevato)w
dove L = dimensione della seq in esame
w = lunghezza della stringa
D = dmensioni dell alfabeto
.." è possibile assumere che la frequenza d'uso delle stringhe seguano una distribuzione poissoniana, essendo possibile in tale ipotesi, considerare un evento raro l' occorrenza di un dato w-mero in una seq. di lunghezza L."
Questo ti é più chiaro se hai presente la definizione di distribuzione di poisson.
- http://ishtar.df.unibo.it/stat/avan/distribuz/poisson.html
In parole povere la sequenza in cui effettui la ricerca é talmente lunga che l'occorrenza di un motivo qualsiasi di lunghezza w é considerabile come un evento raro.
Sotto queste condizioni puoi assumere che la distribuzione delle occorrenze di un motivo sia una poissoniana.
Il vantaggio di questo tipo di distribuzione é che la deviazione standard é uguale alla radice quadrata del valore medio[1], quindi se sai con quale é la frequenza media di occorrenza di un motivo in una sequenza (lo puoi calcolare semplicemente) puoi anche tracciare un grafico intorno a quel valore medio e sapere quale é la frequenza attesa per altri valori.
Ovvero, se sai che il motivo AA occorre con frequenza 0.0625 (0.25*0.25) in una sequenza casuale, allora, per esempio potrai anche calcolare con quale probabilità esso si potrebbe presentare con una frequenza di 0.08.
Se non hai capito provo a rispiegarti in un'altra maniera..
[1] http://ishtar.df.unibo.it/stat/avan/distribuz/notepois.html#note
Citazione:
La distribuzione dei nucleotidi nelle seq. osservate segue una catena di Markov di ordine 1
Sai cos'é una catena di Markov?
Essenzialmente significa che la probabilità di trovare un nucleotide in una posizione particolare, dipende esclusivamente da qual é il nucleotide precedente.
Citazione:
La freq degli oligont. all interno di ciascuna seq. segue una distribuzione Poissoniana
Non é la stessa domanda di prima?
Citazione:
ul metodo del perceptrone o percettrone visto ke nn riesco a trovare nulla ke sia in italiano
Ti riferisci a qualcosa sulle reti neurali?
Non so cosa vi sia in italiano.. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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swami
Nuovo Arrivato
Prov.: Bari
Città: bari
11 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2008 : 13:25:06
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ok grazie davvero!!! Mi è più chiaro.. x qnt riguarda il metodo del perceptrone analizza una seq.genomica confrontandola con una matrice di peso che descrive un segnale identificato in un set di seq. a funzione nota..
Volevo solo sapere se ci fosse qlk info in più su internet, visto ke io nn trovo nulla.
Infine anke sul metodo Word up ke è un' alternativa alla ricerca del consensus x fare analisi linguistica, volevo saxe se qln potesse darmi qlk info in più.
cmq grazie ancoraaaaaaaaaa |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2008 : 13:42:19
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| sei con l Attimonelli? ti ha dato delle slide?...se si, prova a mettere quella del perceptrone vediamo se mi ricordo qualcosa....io li avevo sul pc ..ma le ho perse e le dovrei recuperare |
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swami
Nuovo Arrivato
Prov.: Bari
Città: bari
11 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2008 : 13:48:58
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si sono con l' Attimonelli..ma solo lei applica questi metodi??
cmq i concetti delle slide sono kiari anke se troppo skematici volevo saxe se ci fosse altro materiale in giro!!
Madòòòòòòò qnt la odio quella prof. è una svampita, rincretinita..e nn capisco perkè abbia tutto quel potere!:)
vabbè cmq grazie mille.
mi sa ke mi conviene rimettermi sui libri..ciao ciao |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2008 : 14:06:56
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io sono il nipote
...quando hai l esame? |
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swami
Nuovo Arrivato
Prov.: Bari
Città: bari
11 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2008 : 14:11:33
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stai skerzandoooooooooooooooooooooo???????????tra qlk giorno..sono alla specialistica di biologia a bari..e mi aspetta biologia molecolare 3 ..ke esamoneeeeeeeee
ma tu studi biologia a bari??
daiii nn mi prendere in giroooooooooo |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2008 : 14:23:07
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Dai rilassati stavo scherzando 
si,ancora per poco sono alla specialistica di biol mol a Bari
Pero' non ho capito perche' cerchi materiale in giro quando quello che c'e' sulle slide ti e' chiaro ... penso basti quello,basta sapere li come funziona il tutto e stai apposto...
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swami
Nuovo Arrivato
Prov.: Bari
Città: bari
11 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2008 : 14:25:35
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SCEMOOOOOOOOOOOOOOOOO!!! non sn skerzi da farsi...cmq se hai avuto a ke fare cn l' Attimonelli sai ke nn cè mai abbastanza da saxe..se ne esce cn delle domande astruseeeeeeee!!!
io lunedi inizio l internato cn Cantatore...conosci anke lui??Sei il figlio??:p
tu?con ki hai fatto l' internato??ciao ciao |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2008 : 14:28:16
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| sei OT ,ti rispondo in priviato |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2008 : 14:30:56
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Senti ti chiedo un favore... ti dispiacerebbe scrivere in maniera più normale?
Questa non é una chat.. é veramente difficile capire quello che chiedi, sul serio.
Inoltre noi mods del forum abbiamo un programmino speciale che ci viene a rompere le scatole ogni volta che qualcuno posta un topic del genere, per dirci di venire a moderare.. sennò si arrabbia con noi.
Cmq per quello che riguarda i percettroni, si riferisce ad una tecnica chiamata reti neurali, e se vuoi trovare appunti su internet devi fare una ricerca tipo questa:
- http://www.google.com/search?hl=it&lr=&pwst=1&sa=X&oi=spell&resnum=0&ct=result&cd=1&q=appunti+reti+neurali+percettrone&spell=1
In parole povere la rete neurale é un sistema che, a partire da una grande quantità di dati, ti individua delle equazioni che li descrivono.
Per esempio, se dai in impasto ad una rete neurale un insieme di sequenze che sono codificanti e altre che non lo sono, specificando quali appartengono ad ogni gruppo, la rete ti creerà un complesso insieme di equazioni, che tu potrai poi applicare ad una sequenza sconosciuta per capire se é codificante oppure no.
Leggiti anche questa voce di wikipedia, dove spiega cosa si intende per apprendimento supervisionato e no.
- http://it.wikipedia.org/wiki/Rete_neurale#Paradigmi_di_apprendimento |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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swami
Nuovo Arrivato
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11 Messaggi |
Inserito il - 09 settembre 2008 : 14:33:06
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| ok..scusate |
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aarieel
Nuovo Arrivato
18 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2011 : 12:57:36
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Incredibile, tutti noi poveri studienti di Bari ci ritroviamo a chiederci le stesse cose per colpa di quella sclerata dell'Attimonelli... anche io non ci ho capito niente del Preceptone e le cose che vuole sapere lei non hanno niente a che fare con le reti neurali.
Mi rovolgo a voi di Bari, alla fine come avete risolto? avete recuperato qualche informazione utile? |
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