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saras
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27 Messaggi |
 Inserito il - 05 marzo 2010 : 20:38:26
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Ciao a tutti...
ho dei dubbi riguardo l'interpretazione di Blast e UCSC genome
Qualcuno sa spigarmi perchè se tramite BLAST SNPs ottengo una serie di allineamenti della mia sequenza con altrettanti SNPs invece se cerco SNPs della stessa sequenza con UCSC genome (o Enseml) ne ottengo molto meno?? Di chi mi devo fidare per poter costruire primers e sonde sulla mia sequenza (devo fare un esperimento di genotyping con real time PCR)
Grazie mille per chi risponderà....help me!!!
Sara
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 10 marzo 2010 : 10:03:40
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Probabilmente la differenza é dovuto al fatto che i due programmi utilizzano database di SNPs differenti oppure al fatto che hai utilizzato parametri diversi.
Credo che Blast utilizzi come database dbSNP, di NCBI, che é un database molto vasto e con molti dati ma anche piuttosto spurio. Nel mio lab abbiamo provato ad utilizzare dbSNP per alcune analisi, ma abbiamo avuto l'impressione che molte entries non siano curate.
Pero', a parte sensazioni personali, non ho nessuna ragione per consigliarti l'uno o l'altro. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 10 marzo 2010 : 11:07:43
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Ho guardato meglio e sembra che UCSC utilizzi la release 130 di dbSNP, mentre blast-snp dovrebbe usare giá la 131.
Fossi in te, utilizzerei la 131 ma farei attenzione allo status degli snps con un id che inizia con 'ss#', ovvero controllerei tutti gli snps che non sono stati ancora curati manualmente. |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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saras
Nuovo Arrivato
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27 Messaggi |
Inserito il - 11 marzo 2010 : 21:46:48
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| Grazie mille |
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