Salve ragazzi avrei bisogni di un chiarimento sugli allineamenti multipli.La mia domanda è la seguente: io sò che il punto di partenza x un allineamento progressivo è l'allineamento tra tutte le possibili coppie di sequenze e che date N sequenze si dovrenno effettuare N(N-1)/2 allineamenti a coppie.Quindi c'ho che faccio è calcolarmi i punteggi di similarità. Ora il mio dubbio è sulle matrici di distanza,ovvero non ho ben capito se queste matrici siano equivalenti ai punteggi di similarità x costruire poi gli alberi,quindi o mi calcolo i punteggi di similarità o mi calcolo la matrice di distanza sempre arriverò a questi cluster e a questi alberi,oppure servono entrambi e quindi devo calcolare entrambi x arrivare alla costruzione dell'albero!grazie mille
Citazione:Salve ragazzi avrei bisogni di un chiarimento sugli allineamenti multipli.La mia domanda è la seguente: io sò che il punto di partenza x un allineamento progressivo è l'allineamento tra tutte le possibili coppie di sequenze e che date N sequenze si dovrenno effettuare N(N-1)/2 allineamenti a coppie
Questo é vero, e visto che si tratta di un calcolo molto costoso computazionalmente, i tool di allineamento multiplo attuali utilizzano dei trucchi per diminuire il numero di calcoli richiesti.
Citazione:Quindi c'ho che faccio è calcolarmi i punteggi di similarità. Ora il mio dubbio è sulle matrici di distanza,ovvero non ho ben capito se queste matrici siano equivalenti ai punteggi di similarità x costruire poi gli alberi
Qui non sono sicuro su cosa risponderti.. Non ho capito se stai parlando delle matrici di sostituzione, o di quelle interne ad un programma di allineamento multiplo particolare. Stai parlando di clustalw?
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
Cioè volevo intendere se x costruire l'albero devo usare sia la matrice di distanza che i punteggi di similarità...scusate se nn mi sn spiegata bene ma nn essendo chiaro a me qst argomenti non sono riuscita neanche a postare bene la domanda