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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
 Inserito il - 12 luglio 2010 : 16:52:30
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Ciao, da niubbo mi chiedevo che tipo di allineamento è quello condotto da Blast? Di tipo globale o locale? Immagino sia di tipo locale, dato che il programma trova le HSP e quindi le estende sino a discesa sotto un certo Score. Certo che se poi le sequenze sono altamente simili, allora l'allineamento avrà maggiore estensione e quindi si giungerà in pratica ad un allineamento globale.
Sarei grato se mi rispondeste rapidamente, ahimé questo dubbio atroce mi è venuto a meno di 18 ore dall'esame. Grazie
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 12 luglio 2010 : 16:58:01
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Tranquillo, l'allineamento di Blast è quello locale.
Non a caso il nome Blast significa "Basic Local Alignment Search Tool":
- http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi# |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 12 luglio 2010 : 17:02:30
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Che idiota che sono, non ho pensato alla sigla. Pardon, ansia pre-esame... 
Mi viene un dubbio, ancora, dagli appunti di bioinformatica risulta che le matrici di sostituzione usate per gli allineamenti globali presentano solo valori positivi, le matrici di sostituzione usate per gli allineamenti locali, al contrario, ricorrono a valori positivi E negativi. Da ciò mi chiedo: posso usare una PAM o una Blosum (che presentano anche valori negativi) per gli allineamenti globali?
Grazie, gentilissimo |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 13 luglio 2010 : 00:24:50
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Stai facendo un po' di confusione... le matrici per l'allineamento locale e globale sono le stesse, servono per definire la probabilità di una mutazione da un aminoacido a un altro e questo non ha niente a che fare con l'algoritmo utilizzato per l'allineamento.
le matrici PAM non possono mai avere valori negativi, perché sono in scala logaritmica, mentre le BLOSUM sono calcolate in un altro modo e possono avere valori negativi. |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 13 luglio 2010 : 00:27:36
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Strano, ti giuro che il mio prof fornisce come esempio una PAM250 e compaiono caselle aventi valori negativi. Dal momento che tu mi sembri molto più professionale di quello che dovrebbe essere il mio "professore", tendenzialmente credo a te. La cosa mi lascia però di stucco...
Domani vedremo cosa salta fuori...
Anzi oggi.
Saluti |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 13 luglio 2010 : 01:15:00
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accidenti, hai ragione, mi sono confuso :-) Effettivamente anche le PAM possono avere valori negativi:
- http://www.bioinformatics.nl/tools/pam.html
PAM250
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
A 2 -2 0 0 -2 0 0 1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 1 1 1 -6 -3 0 0 0 0 -8
R -2 6 0 -1 -4 1 -1 -3 2 -2 -3 3 0 -4 0 0 -1 2 -4 -2 -1 0 -1 -8
N 0 0 2 2 -4 1 1 0 2 -2 -3 1 -2 -3 0 1 0 -4 -2 -2 2 1 0 -8
D 0 -1 2 4 -5 2 3 1 1 -2 -4 0 -3 -6 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8
C -2 -4 -4 -5 12 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -3 0 -2 -8 0 -2 -4 -5 -3 -8
Q 0 1 1 2 -5 4 2 -1 3 -2 -2 1 -1 -5 0 -1 -1 -5 -4 -2 1 3 -1 -8
E 0 -1 1 3 -5 2 4 0 1 -2 -3 0 -2 -5 -1 0 0 -7 -4 -2 3 3 -1 -8
G 1 -3 0 1 -3 -1 0 5 -2 -3 -4 -2 -3 -5 0 1 0 -7 -5 -1 0 0 -1 -8
H -1 2 2 1 -3 3 1 -2 6 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 0 -2 1 2 -1 -8
I -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 5 2 -2 2 1 -2 -1 0 -5 -1 4 -2 -2 -1 -8
L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 2 6 -3 4 2 -3 -3 -2 -2 -1 2 -3 -3 -1 -8
K -1 3 1 0 -5 1 0 -2 0 -2 -3 5 0 -5 -1 0 0 -3 -4 -2 1 0 -1 -8
M -1 0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2 2 4 0 6 0 -2 -2 -1 -4 -2 2 -2 -2 -1 -8
F -3 -4 -3 -6 -4 -5 -5 -5 -2 1 2 -5 0 9 -5 -3 -3 0 7 -1 -4 -5 -2 -8
P 1 0 0 -1 -3 0 -1 0 0 -2 -3 -1 -2 -5 6 1 0 -6 -5 -1 -1 0 -1 -8
S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -1 -3 0 -2 -3 1 2 1 -2 -3 -1 0 0 0 -8
T 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1 -3 0 1 3 -5 -3 0 0 -1 0 -8
W -6 2 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4 0 -6 -2 -5 17 0 -6 -5 -6 -4 -8
Y -3 -4 -2 -4 0 -4 -4 -5 0 -1 -1 -4 -2 7 -5 -3 -3 0 10 -2 -3 -4 -2 -8
V 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 4 2 -2 2 -1 -1 -1 0 -6 -2 4 -2 -2 -1 -8
B 0 -1 2 3 -4 1 3 0 1 -2 -3 1 -2 -4 -1 0 0 -5 -3 -2 3 2 -1 -8
Z 0 0 1 3 -5 3 3 0 2 -2 -3 0 -2 -5 0 0 -1 -6 -4 -2 2 3 -1 -8
X 0 -1 0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 0 0 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -8
* -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 1
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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ilary_10
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 11 aprile 2012 : 18:05:52
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ciao!!!...scusate riguardo a blast vorrei chiedervi una cosa
come posso visualizzare un grafico (in ordinate e ascisse) che mi indichi l allineamento tra due sequenze?? bast me lo da?oppure quale altro programma?? |
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maister46
Nuovo Arrivato
14 Messaggi |
Inserito il - 24 aprile 2012 : 17:23:44
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ciao raga...volevo porvi una domanda.
Una matrice PAM 50 può indicare che le sequenze hanno subito 50 eventi mutazionali o che le sequenze sono simili al 50%(non credo questo ..più Blosum è cosi)...non capisco se i 50 eventi mutazionali sono riferiti a 50 passi evolutivi..ciò che indica PAM ....BaH!
Potete aiutarmi su questo punto....GGGGRRRAZZIEEE...ciao |
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