ChIP on chip: analisi dati

Forum

Registrati Discussioni Recenti Preferiti Utenti Cerca Regolamento RSS Statistiche

Utilità

I libri
consigliati:

La regina rossa. Sesso ed evoluzione
Matt Ridley

Il DNA incontra Facebook
Sergio Pistoi

Il patrimonio mondiale dell'Unesco. I santuari della natura
Marco Cattaneo, Jasmina Trifoni

Altri Libri

Nome Utente:	Password:
Riconoscimi automaticamente

Tutti i Forum

MolecularLab

Bioinformatica

ChIP on chip: analisi dati

Nuova Discussione

Nuovo Sondaggio

Rispondi

Aggiungi ai Preferiti

Cerca nelle discussioni

Risorse di Bioinformatica:

Guide tools online

Blog InsideBioinfo

Siti di Bioinformatica

Protocolli

Ultime notizie

Aggiungi i tag

Quanto � utile/interessante questa discussione:

Autore

Discussione

roberta.s
Utente Junior

Citt�: Parigi

564 Messaggi

Inserito il - 15 maggio 2012 : 17:32:43

Ciao a tutti, qualcuno saprebbe indicarmi un programma per analizzare dati di ChIP on chip e come paragonare l'enrichment per una data regione in due microarray?
Ho fatto l'esperimento su Microarray Agilent, estratto i dati con GenePix e ottenuto i miei file excel. Vorrei adesso analizzare questi dati, ma non ho idea di come fare. Vorrei sapere come visualizzare le varie sonde sul genoma, come definire se un sito � statisticamente arricchito o no (=qual � la soglia che devo scegliere? log2 (ratio) >0?) e cosi' via.

Grazie a tutti in anticipo

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 15 maggio 2012 : 17:57:45

Che io sappia va molto di moda R + Bioconductor, ma non ho mai fatto analisi di microarray :)

Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui

My photo portfolio (now on G+!)

roberta.s
Utente Junior

Citt�: Parigi

564 Messaggi

Inserito il - 15 maggio 2012 : 18:27:20

� che in bioconductor si trovano vari pacchetti. ieri ho provato a scaricarne uno, ma essenzialmente non accetta il formato con cui ho effettuato lo scanning della slide ...