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MartaMes
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 Inserito il - 03 marzo 2017 : 18:31:54
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Ciao a tutti!
Sto cercando di fare l'analisi dei miei dati con Arlequin o con Genalex. Il problema con Arlequin è che non riesco a convertire il mio file genepop di partenza in .arp per Arlequin; con PGDSpider mi fa la conversione ma poi Arlequin non riesce ad interpretare quel file.
Ho provato ad inserire i dati su Genetix ma ha il limite a 60 individui (il mio dataset ha 457 individui e 4005 SNP biallelici).
Ho provato con r con questo script:
> convert("nancycatsc.gen", ndigit = 2)
Error in first:last : NA/NaN argument
> convert('nancycatsc.gen', ndigit = 2)
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
cannot open file 'nancycatsc.gen': No such file or directory
questi sono i due errori che mi da e non sono riuscita a capire il problema.
Per quanto riguarda genalex il problema è che importando il file excel o genepop non mi spacchetta i due alleli all'interno di ogni locus, non ho trovato un modo per farlo; pensavo di esserci riuscita con r con questo script:
> write.table(finale, file="mydata.txt", quote=T, sep=" ", dec=".", na="NA", row.names=T, col.names=T)
invece mi ha scritto il file, ma i dati sono sbagliati. Avevo trovato questo script, ma non mi funziona:
> genind2genalex("finale.genind")
Error in genind2genalex("finale.genind") : A genind object is needed.>
Ho finito le idee..qualcuno sa come impostare un file per Arlequin o per Genalex? grazie!:)
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