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Luka_86
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
 Inserito il - 25 giugno 2011 : 12:35:53
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Ciao a tutti! manca poco alla mia laurea e devo inserire nella tesi un test per effettuare un'analisi statistica di alcuni dati che ho raccolto, ma non so che test devo scegliere, mi potete aiutare?!?
In breve sto confrontando due tipi di tamponi per vedere quale dei due riesce a catturare meglio delle cellule microbiche da una superficie.
ho 2 gruppi di campioni, uno relativo a un tipo di tampone e un'altro relativo all'altro tipo di tampone. Entrambi i gruppi sono formati da 8 campioni con valori che sono espressi in percentuale. questi valori rappresentano la % di cellule raccolte dai due tamponi rispetto al totale presente sulla superficie. i campioni sono 8 perchè ognuno è relativo a un microrganismo diverso.
Per sapere se la differenza tra i due gruppi è dovuta al caso o meno, devo usare il test T o un altro test???
Vi prego aiutatemi perchè è urgente
Luca
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Martin.diagnostica
Utente Attivo
1582 Messaggi |
 Inserito il - 25 giugno 2011 : 14:47:11
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2 gruppi tampone A e tampone B 8 microrganismi
io o farei un bel foglio di calcolo cosi e userei il test T
microrganismo TamponeA TamponeB delta (a-b) Test T
1 x1 y1 1
2 x2 y2 2
3 x3 y3 3
4 x4 y4 4
5 x5 y5 5
6 x6 y6 6
7 x7 y7 7
8 x8 y8 8
tot Totx Totx tot
notare che l'ultima riga fà un confronto x tutti e 8 microrganismi |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 25 giugno 2011 : 19:30:37
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Hai ripetuto l'esperimento più volte? Se hai n=1 per ciascun singolo campione non è possibile fare un'analisi statistica...
Inoltre avendo più organismi qui sarebbe da analizzare un modello lineare (ANOVA) più che un test t |
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Martin.diagnostica
Utente Attivo
1582 Messaggi |
Inserito il - 25 giugno 2011 : 21:10:20
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Hai ripetuto l'esperimento più volte? Se hai n=1 per ciascun singolo campione non è possibile fare un'analisi statistica...
Inoltre avendo più organismi qui sarebbe da analizzare un modello lineare (ANOVA) più che un test t
Certamente un analisi statistica richiede numerose ripetizione dell'esperimento altrimenti non ha valore alcuno.
Ovviamente nel mio foglio ad ogni cella xi e yi dovrebbe corrispondere una serie di dati ottenuti da esperimenti ripetuti. |
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nashita
Utente
Prov.: Puglia
1085 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2011 : 08:45:09
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anche io avrei detto test t, visto che sta confrontando due tamponi.
L'analisi della varianza non si usa invece per confrontare per esempio se esiste una differenza nelle medie di più di due tamponi? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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Luka_86
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2011 : 11:35:33
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| per ogni microrganismo il valore corrispondente è la media di sei repliche. dite che va usato il test ANOVA? io avevo letto che si usava quando si ha a che fare con più di due variabili indipendenti e avevo inteso come variabili indipendenti i due tamponi. |
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Luka_86
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2011 : 11:48:44
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| Ah, aggiungo anche che per capire quale tampone sia meglio, a me interessa la media calcolata sugli 8 campioni (microrganismi)e non andare a vedere che per quel microrganismo il tampone 1 è meglio del tampone 2. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2011 : 12:31:08
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Citazione:
Ah, aggiungo anche che per capire quale tampone sia meglio, a me interessa la media calcolata sugli 8 campioni (microrganismi)e non andare a vedere che per quel microrganismo il tampone 1 è meglio del tampone 2.
Ok, se hai una media di 6 il discorso è differente, però per fare un test statistico ti servono i dati grezzi, non bastano le medie.
Non capisco il senso di guardare gli 8 microorganismi come se fossero 1: ad es. se il tampone 1 è migliore per un mo e peggiore per un altro, perderesti un sacco di informazione e potresti giungere a conclusioni errate.
Ad ogni modo, anche volendo considerare gli 8 mo come fosse uno, serve sempre un modello ad effetti misti perchè hai un fattore casuale che è l'esperimento, visto che fai più misure per esperimento. |
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Luka_86
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2011 : 13:04:18
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allora, provo a spiegare un pochino meglio di cosa si tratta il lavoro per semplificare le cose.
in pratica attraverso questo studio devo dimostrare che il tampone 2 (che sarebbero il tampone floccato, non so se lo conoscete) è uguale o migliore del tampone 1 (che sarebbe il classico cottono fioc). per farlo abbiamo scelto un pool di 8 microrganismi con cui testare tutti e due i tamponi. ho testato ogni tampone con ognuno degli 8 microrganismi per sei volte, quindi ho 6 valori per ogni microrganismo, da cui poi mi sono calcolato la media. considerate che questo studio serve per poter introdurre il tampone 2 in sostituzione del tampone 1 nei controlli di qualità in un industria farmaceutica. il fatto che un tampone sia meglio dell'altro per un certo microrganismo non è propriamente quello che mi interessa, poichè a me interesserebbe dire più che altro che sulla base di un test eseguito su 8 microrganismi (1 rappresentante dei gram +, uno dei gram-, un lievito, ecc), il tampone 2 è risultato essere superiore o cmq almeno pari rispetto al tampone 1. Diciamo che è una valutazione complessiva.
Ovviamente ci sono dei limiti di accettabilità che sono stati stabiliti; infatti per ogni microrganismo devono essere "catturate" almeno il 50% delle CFU presenti, ma su questo nessuno dei due tamponi mi ha dato problemi.
Premetto anche che dell'esame di statistica non mi ricordo nulla perchè sono passati un pò di anni e sto cercando di documentarmi di nuovo :D.
perchè ad esempio dovrei usare il test ANOVA e no il test T?
grazie a tutti!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2011 : 13:48:53
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Citazione:
il tampone 2 è risultato essere superiore o cmq almeno pari rispetto al tampone 1
OK, definiscimi meglio questa frase.
Se ad es. il tampone 2 prende statisticamente più batteri del tampone 1 in 7 degli 8 batteri, ma fallisce miseramente nell'ottavo è superiore? E se è migliore in 4 degli 8 e peggiore negli altri?
Un test t si fa nel caso tu voglia misurare le differenze fra 2 gruppi in risposta ad un fattore (ad es. misuro l'altezza di un certo tipo di pianta, trattata con il fertilizzante 1 vs fertilizzante 2).
L'analisi della varianza (ANOVA) si fa nel momento in cui hai più gruppi e/o più fattori (anche se la puoi fare anche con due gruppi ed un fattore, ti dà lo stesso risultato del test t). In questo caso hai 2 gruppi e 2 fattori: il tampone ed il microorganismo. Inoltre hai più misure fatte nello stesso momento (hai 6 esperimenti).
Hai quindi un fattore fisso (il tampone), un fattore di nuisance (l'esperimento) ed un terzo fattore (il microorganismo) che puoi considerare un fattore di nuisance se non ti interessano differenze fra i vari mo.
E' quindi utile in questo caso utilizzare un modello ad effetti misti, come spiegato nella discussione che ho già indicato sopra:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=20326&whichpage=2#92410
Nella stessa discussione è spiegato come fare questo tipo di analisi con R.
===
Altri link utili:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1955 <- spiegazione di t-test e ANOVA
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1286 <- dispense di statistica
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Martin.diagnostica
Utente Attivo
1582 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2011 : 14:17:22
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Citazione:
[i]
Ah, aggiungo anche che per capire quale tampone sia meglio, a me interessa la media calcolata sugli 8 campioni (microrganismi)e non andare a vedere che per quel microrganismo il tampone 1 è meglio del tampone 2.
In quest'ultimo caso dovresti lavorare sull'ultima colonna del mio schema di foglio.
Con molta probabilità se 1 funziona meglio di 2 dovresti avere una resa maggiore di 1 sia sul totale che sugli 8 microrganismi esaminati singolarmente e paragonati a coppie.
in realtà potrebbe essere un dato molto interessante anche quello sui singoli organismi e potrebbe essere discusso nella tua tesi. Le aziende che producono prodotti non sterili oltre a fare la conta totale eseguono anche ricerche mirate per specifici microrganismi. Per esp se tampone 2 è peggio di 1 per la conta totale ma recupera meglio di 1 per es le salmonelle potrebbe renderlo idoneo per la ricerca mirata.
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Luka_86
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2011 : 14:34:46
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infatti questi tamponi vengo usati per fare campionamenti in produzione in un'industria farmaceutica che produce prodotti non sterili, per analizzare ad esempio delle parti di attrezzature che entrano in contatto con il prodotto. Degli 8 microrganismi che vengono testati, 6 sono gli stessi usati negli studi di qualifica che ha compiuto l'azienda produttrice del tampone 2. In più è stato deciso di aggiungere due isolati ambientali. ora chiederò per sicurezza se a loro interessa un risultato generalizzato o qualcosa di specifico per i singoli microrganismi.  |
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Luka_86
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2011 : 14:47:09
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io pensavo di poter considerare gli 8 microrganismi come otto esemplari della pianta da te citata, per valutare cosi quale fosse il trattamento migliore migliore (in questo caso il tampone migliore). però ora qualche dubbio me lo hai fatto venire e per questo chiederò in azienda se a loro interessa o meno una valutazione generale, con la possibilità quindi anche che il tampone 2 sia nel complesso più performante del tampone 1 ma che per 1 o + microrganismi sia meno efficace del tampone 1 (sebbene sempre superiore al criterio di accettabilità del 50% visto prima).
Ti dispiace se ti tengo aggiornato su come evolve la situazione? mi sembri molto ferrato in merito e non vorrei fare qualche cavolata
nel frattempo mi leggo i link che mi hai postato! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 26 giugno 2011 : 15:02:29
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Citazione:
io pensavo di poter considerare gli 8 microrganismi come otto esemplari della pianta da te citata, per valutare cosi quale fosse il trattamento migliore migliore (in questo caso il tampone migliore). però ora qualche dubbio me lo hai fatto venire e per questo chiederò in azienda se a loro interessa o meno una valutazione generale, con la possibilità quindi anche che il tampone 2 sia nel complesso più performante del tampone 1 ma che per 1 o + microrganismi sia meno efficace del tampone 1 (sebbene sempre superiore al criterio di accettabilità del 50% visto prima).
Ricorda però sempre che non sono uno statistico, sicuro che ora TMax passa di qui e mi sgrida perchè ho detto qualche stupidata 
Ad ogni modo, considerando il tipo di mo come un fattore di nuisance fai esattamente quello che stai dicendo (tralasci il fatto che siano organismi differenti). Che poi questo sia o meno la cosa "giusta" da fare non è un problema statistico. |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
 Inserito il - 27 giugno 2011 : 13:15:16
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il problema per me è che io non ho mica capito il disegno sperimentale
puoi,Luka per favore, descrivermi quello che hai fatto...
parli di superfici, di tamponi di microorganismi ma praticamente non ho mica capito come hai fatto...
grazie
Max |
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bontix
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2011 : 02:41:52
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| anova |
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Luka_86
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2011 : 22:57:25
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Premetto che il relatore mi ha appena detto che mi aiuterà lui a fare questa analisi statistica, quindi non dovrò più vedermela da solo per fortuna :D (anche se cmq sto continuando a documentarmi con i link che mi sono stati dati)
comunque descrivo meglio il protocollo dello studio.
l'obiettivo è sostituire l'utilizzo di un tampone in cotone (tipo cotton fioc) con il tampone floccato, per i campionamenti di superfici e attrezzature che si fanno in un industria farmaceutica.
per raggiungere questo obiettivo stiamo facendo alcuni studi per mettere a confronto i due tamponi.
Tra questi ce ne sn alcuni in particolare che richiedono un analisi statistica dei risultati. Dal momento che il filo logico che sta alla base è lo stesso, ve ne descrivo solo uno perchè lo stesso discorso varrebbe per gli altri.
Test di Recupero:
lo scopo è quello di analizzare la capacità dei tamponi di catturare microrganismi depositati su una superficie e di rilasciarli in piastra.
per ogni microrganismo su cui effettuare le prove, prendiamo 6 superfici di acciaio di 5cm * 5cm. ognuna la inoculiamo con 50 microlitri di sospensione microbica di un microrganismo contenente tra 10 e 100 CFU. Per ogni sospensione microbica ci prepariamo ovviamente dei controlli positivi piastrando direttamente 50 microlitri della sospensione.
le singole superfici inoculate con la sospensione vengono campionate ognuna con un tampone floccato (quindi 6 repliche per quel determinato micro che andremo poi a piastrare). Ripetiamo lo stesso giochetto usando però i tamponi in cotone (quindi abbiamo 6 repliche per il micro X ottenuto con i tamponi floccati e 6 con i tamponi in cotone).
Ripetiamo lo stesso procedimento per altri sette microrganismi perchè in totale devo testare 8 micro (per ogni microrganismo ottengo sempre 6 repliche per il tampone floccato e sei per quello in cotone). I valori di CFU che osservo sulle piastre li rapporto al controllo positivo e ottengo la percentuale di micro recuperati sul totale che ho depositato sulla superficie di acciaio (che chiamo "efficienza di recupero")
Poi ripetiamo tutto quello che abbiamo appena fatto fino ad ora usando non più delle superfici di acciaio ma delle superfici di teflon. Quindi anche per l'analisi compiuta su teflon avrò 8 micro per ogni tampone e 6 repliche per ogni micro per il tampone floccato e altrettante per il tampone tradizionale.
devo dimostrare che l'efficienza di recupero del floccato sia maggiore o uguale a quella del tampone in cotone. Il confronto tra i due tamponi lo devo fare prima con i risultati che ho ottenuto per un tipo di superficie (confronto floccato-cotone per l'acciaio e confronto floccato-cotone per il teflon). Poi magari posso fare un confronto tra i risultati ottenuti sull'acciaio e quelli ottenuti sul teflon per vedere su quali dei due materiali si recuperano meglio i microrganismi.
A voi la parola ;)
Messaggio inserito da TMax
il problema per me è che io non ho mica capito il disegno sperimentale
puoi,Luka per favore, descrivermi quello che hai fatto...
parli di superfici, di tamponi di microorganismi ma praticamente non ho mica capito come hai fatto...
grazie
Max
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 30 giugno 2011 : 13:20:40
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grazie ora ho capito di più...
se lasciamo perdere per ora la natura dell'outcome è cioè un rapporto tra due quantità ( immagino vincolato negli estremi 0-100)..come ha detto Chick80 i dati si possono analizzare con un modello ad effetti misti
gli effetti a fattori fissi sono:
- il tipo di tampone (fattore sperimentale d'interesse)
- il tipo di superficie
fattore ad effetti casuali:
- microrganismo
l'effetto del fattore ad effetti casuali lo testerei se non risulta significativo non mi preoccuperei... non credo ci sia un motivo biologicamente significativo per cui un microorganismo dovrebbe essere più facilmente recuperato da un tipo di tampone che da un altro..
con R puoi fare sia un modello lineare che usare la funzione aov
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Luka_86
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 30 giugno 2011 : 16:58:28
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in effetti il fattore microrganismo è un po delicato anche perchè bisogna considerare le caratteristiche dei materiali e quelle dei micro, (più o meno idrofilici) ecc... sarebbe comunque solo una cosa in più. va bene grazie a tutti per i consigli!
Vedrò come vuole proseguire il relatore, ma credo che voglia optare per il test di fisher per andare su qualcosa di più semplice (anche se mi sa che non è la scelta più giusta) perchè dice che i risultati dell'anova sono più difficili da interpretare e durante la discussione di laurea rischierei che gli altri professori non capiscano quello che gli mostro... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 30 giugno 2011 : 18:01:01
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Beh, dai, l'ANOVA è comunque una metodica usata comunemente (magari a sproposito ma comunemente). Conta che molte riviste specificano chiaramente nella guida agli autori che è importante usare i giusti test statistici quando si invia un lavoro: anche se non è il tuo caso è meglio cominciare fin da subito a fare le cose per bene.
Poi se invece di dire che hai usato un "modello lineare ad effetti misti" dici che hai fatto un'ANOVA dici comunque la verità e nessuno si sconvolgerà. Se poi qualcuno ti chiede il perchè dell'ANOVA basta rispondere che nel tuo caso stai misurando una variabile dipendente, ossia il numero di batteri, in relazione a tre variabili dipendenti che sono tampone, la superficie e il microorganismo. Semplice e nessuno avrà da ridire.
Sinceramente credo che sarebbe molto più duro spiegare il perchè dell'uso di un test di Fisher per un problema del genere! Poi ovviamente vedi un po' cosa ti dice il tuo prof. |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 01 luglio 2011 : 10:38:34
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se però in commissione di laurea c'è qualcuno che ci capisce di statistica e usi il test di Fisher (chissà perchè poi...sarebbe da chiedere al tuo relatore che mi pare un pò un fantasista in questo campo), rischiate di fare una figuraccia...
l'analisi statistica dei dati non è un optional da fare o non fare solo per si sa che va fatta
è parte integrante dello studio dalla sua progettazione alla sua conduzione per finire alle conclusioni che ne vengono tratte
i test statistici non si usano alla bisogna o come cojo cojo, dipendono dal tipo di dati e dal disegno sperimentale....
mah! |
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Luka_86
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 01 luglio 2011 : 13:49:51
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Sono perfettamente d'accordo con quello che dite, sopratutto sul punto che la scelta del test deve essere mirata altrimenti perde di validità.
Putroppo non credo di poterci fare molto anche per mancanza di tempo necessario per studiare per bene i test che mi avete suggerito. proverò comunque a buttarla li la questione per vedere se vuole cambiare idea.
una domanda: per quanto riguarda le sei repliche che ho fatto per ogni micro, per fare le cose come andrebbero fatte, non posso considerare direttamente il loro valore medio ma devo considerare i dati nudi e crudi giusto?
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