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charlie_an
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
 Inserito il - 04 aprile 2012 : 17:35:16
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Salve a tutti.
Ho provato a cercare nel forum, ma non ho trovato risposta alla mia domanda, che è (premetto che sono parecchio digiuno di analisi statistiche, per cui il mio problema è forse banale):
Ho eseguito delle reazioni di real time PCR per 2 geni (oltre a 2 geni di controllo endogeno) su cDNA ottenuto da un gruppo di pazienti. L'analisi classica prevede il confronto delle medie normalizzate (dCt) di ciascun gene tra 2 o più gruppi di campioni. Io invece vorrei suddividere il mio gruppo di pazienti in 2 sottogruppi, sulla base dell'espressione dei geni analizzati, presi uno ad uno ed (eventualmente) insieme, per poi calcolare differenze di sopravvivenza tra i 2 sottogruppi.
Che tipo di analisi (quale test, software consigliato) potrei usare?
Grazie in anticipo per la risposta :)
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 04 aprile 2012 : 18:15:22
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Non mi è chiaro come vuoi dividere i pazienti. Hai una metodica per fare questa suddivisione o lo vuoi fare "a mano"?
Il test di sopravvivenza poi è una cosa a parte, non dipende da come analizzi la tua PCR.
Innanzitutto di quanti pazienti stiamo parlando? Le problematiche di clustering in base all'espressione genica non sono proprio problemi di statistica di base. Non hai la possibilità di discutere con qualcuno che si occupi di statistica? |
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charlie_an
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 05 aprile 2012 : 10:18:47
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Ciao, grazie per la risposta.
In effetti quello che vorrei fare è una sorta di clusterizzazione del mio gruppo di pazienti (sono circa 60) in base all'espressione del gene (o dei geni) analizzati. Supponevo ci fosse un semplice algoritmo per ottenerla.
Proverò ad informarmi, grazie comunque! :) |
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cami
Utente Junior
Città: roma
136 Messaggi |
Inserito il - 05 aprile 2012 : 10:52:27
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Ciao! Io non ho mai fatto questo tipo di analisi, però in questo lavoro:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20959480
hanno fatto una cosa simile a quella che credo voglia fare tu, è un articolo free, forse ti può essere utile per avere delle indicazioni sull'analisi statistica da fare sui tuoi campioni...
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“Research is what I'm doing when I don't know what I'm doing”Werner von Braun |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 05 aprile 2012 : 16:04:19
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Ci sono molti algoritmi di clustering e molti sono applicati a profili di espressione genica.
L'opzione "base" è quella di usare un algoritmo di k-means usando i livelli dei vari geni come descrittori (dopo opportuna normalizzazione).
Ribadisco, tuttavia, che non sono problemi proprio triviali, hai un po' di esperienza di programmazione?
Il sito di bioconductor è strapieno di algoritmi e documentazione su problemi di questo tipo, ad es:
http://www.bioconductor.org/help/course-materials/2003/Milan/ |
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