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 Test per tabelle di contingenza n x m
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chick80
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DNA
Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 15 giugno 2010 : 13:58:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti,
sto cercando di analizzare delle tabelle di contingenza 3x3 e non sono troppo sicuro di come interpretare i risultati...

Allora, ho 3 gruppi sperimentali G1, G2 e G3.
Ho fatto un'analisi di clustering ed ho classificato ciascun osservazione di questi 3 gruppi in 3 tipi, chiamiamoli T1, T2 e T3

Ho quindi una tabella di contingenza 3 x 3 con le percentuali di ogni tipo per gruppo, ad es (dati fittizi):


      |    T1   |    T2   |    T3   |
------+---------+---------+---------+---
  G1  |   30    |   30    |   40    | 
------+---------+---------+---------+---
  G2  |   20    |   10    |   70    |
------+---------+---------+---------+---
  G3  |   25    |   35    |   40    |


Ho pensato di fare un test di Fisher ed ottengo


	Fisher's Exact Test for Count Data

data:  data 
p-value = 6.841e-06
alternative hypothesis: two.sided 


Perfetto, ora come faccio a sapere chi è diverso da chi? Direi che in questo caso "a occhio" è il gruppo 2 ad essere diverso dagli altri, ma come dirlo? Inoltre è corretto mettere le percentuali o dovrei mettere il numero di elementi in ciascun gruppo (i 3 gruppi non hanno lo stesso numero di osservazioni).

In alternativa sarebbe corretta un'analisi solo parziale? Ad es. a me interessa valutare se nel gruppo 2 ci siano effettivamente più osservazioni di tipo 3 rispetto al gruppo 3, e che il gruppo 1 e il 3 invece non sono differenti. Potrei fare dei test di fisher separati per determinare ciò? Ho provato a leggere un po' la letteratura ma non ho trovato niente di veramente convincente su come analizzare questo tipo di dati...

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TMax
Utente Junior

TMax

Prov.: BG
Città: Capriate


270 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2010 : 08:50:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di TMax Invia a TMax un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
beh sicruamente nelle celle devono esserci dei conteggi e non delle %
se noti nell'intestazione del test di fischer c'è scritto

Fisher's Exact Test for Count Data


la questione che poni non è di semplice soluzione
l'analisi delle tabelle di contingenza fatte con test statistici permette di rtestare l'ipotesi nulla di assenza di dipendenza tra le variabili

se vuoi però fare delle specie di confronti multipli puoi
ripetere il test per singoli confronti ma poi ricordarti di aggiustare il pvalue con la correzione di Bonferroni...
più corretto sarebbe usare dei modelli logistici multinomiali ( mi pare di capire che le tue variabili non siano ordinali) che sono un pò di difficile interpretazione, oppure usare modelli loglineari che usano come famiglia di distribuzione la poisson ( tipica dei conteggi)..anche in questo caso l'interpretazione non è immediata!

più di così ora non riesco ad aiutarti magari se mi legge globius integrerà di sicuro!



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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2010 : 15:02:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
se noti nell'intestazione del test di fischer c'è scritto

Fisher's Exact Test for Count Data


ooops !

==

Proverò a dare un occhiata ai modelli logistici multinomiali.

Ho tuttavia trovato un altro modo di analizzare il problema andando a guardare un altro parametro che essenzialmente mi dà lo stesso risultato del clustering, ma in quel caso ho semplicemente un valore associato ad ogni osservazione e quindi l'analisi diventa molto più semplice.

Terrò quindi il clustering come analisi "visuale" per dire che ci sono 3 gruppi di osservazioni e poi userò l'altro parametro per effettivamente dare un indicazione "numerica" del clustering.

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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2010 : 16:25:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se qualcuno fosse interessato... ho trovato questo esempio che sembra proprio quello che cercavo!

http://www.ats.ucla.edu/stat/r/dae/mlogit.htm

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TMax
Utente Junior

TMax

Prov.: BG
Città: Capriate


270 Messaggi

Inserito il - 17 giugno 2010 : 12:06:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di TMax Invia a TMax un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
figo!!!
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