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Stefy84
Nuovo Arrivato

dna


64 Messaggi
Inserito il - 18 maggio 2010 : 12:21:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Stefy84 Invia a Stefy84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti,
qualcuno può indicarmi un database dove trovare polimorfismi intronici di un gene di interesse? grazie

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 18 maggio 2010 : 14:05:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
mmm non conosco niente del genere, mi dispiace.
Comunque, che cosa intendi per polimorfismi? Se cerchi solo gli SNPs nelle regioni introniche di un gene, potresti guardare a SNPedia o Hapmap/perlgen. Ti sconsiglio di utilizzare dbSNP di ncbi, contiene molti errori.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Stefy84
Nuovo Arrivato

dna



64 Messaggi
Inserito il - 18 maggio 2010 : 14:27:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Stefy84 Invia a Stefy84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
voglio verificare se una variazione nucleotidica che ho trovato in una sequenza è un polimorfismo descritto o meno
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 18 maggio 2010 : 14:58:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Un approccio potrebbe essere quello di utilizzare il genome browser di UCSC:
- http://genome.ucsc.edu

seleziona la regione in cui si trova il tuo polimorfismo, e poi una volta nella pagina con il dettaglio della sequenza, vai in basso, dove pone 'Variations and Repeats' e seleziona SNPs (130). Riaggiornando la pagina, troverai una lista di tutti gli SNPs nella regione, e cliccando su di essi potrai avere maggiori dettagli. L'unico problema di questo approccio é che UCSC utilizza ancora dbSNP 130, mentre ultimamante é stato rilasciato dbSNP131.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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