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james85
Nuovo Arrivato
Città: Ancona
32 Messaggi |
 Inserito il - 26 febbraio 2010 : 19:56:55
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salve ragazzi,
ho generato questi due alberi delle distanze attraverso il BLAST. La sequenza utilizzata appartiene a B.melitensis, in particolare un enzima che è la timidilato sintasi. A parte dire che le sequenze allineate alla query sono quelle identiche, mentre i bracci piu' lunghi rappresentano le sequenze piu' distanti, cos'altro posso descrivere in questi alberi???
grazie per l'aiuto
buona serata
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 01 marzo 2010 : 18:48:08
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Non é che hai generato questi alberi con Blast... Semplicemente, hai allineato la tua sequenza con altre presenti nel database che hai utilizzato, dopodiché un tool fornito da NCBI ti ha permesso di vedere come le sequenze che hai trovato si distribuiscono in un albero filogenetico.
Se vuoi descrivere meglio questi risultati, devi indicare:
- la versione di blast e il database che hai utilizzato (nr, uniprot, refseq...)
- l'algoritmo utilizzato per calcolare l'albero (UPGMA, bayesiano, Maximum-likelihood, Maximum-Parsimony, etc..) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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james85
Nuovo Arrivato
Città: Ancona
32 Messaggi |
 Inserito il - 05 marzo 2010 : 14:28:37
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| ho risolto da solo..come al solito |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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james85
Nuovo Arrivato
Città: Ancona
32 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2010 : 17:38:35
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era una polemica la mia: appunto perchè lo spirito del forum dovrebbe essere quello di aiutare non di porre elenchi di cose da fare che contribuiscono a incasinare le idee dal mio punto di vista! Infatti io avevo posto una domanda secca alla quale mi è stato risposto con tutt'altro (come mi è già capitato).
Comunque la questione era semplice, a parte che ho usato il metodo del neighbour joining; l'albero è molto eterogeneo e ciò delinea una situazione evidente di divergenza genetica. Poi per il resto l'avevo già scritto parzialmente nella domanda: le sequenze piu' vicine si vedono direttamente sopra la mia query mentre i bracci piu' lunghi sono rappresentative delle sequenze + distanti.
scusate per la polemica
ciao |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2010 : 18:00:30
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Citazione:
porre elenchi di cose da fare che contribuiscono a incasinare le idee dal mio punto di vista!Infatti io avevo posto una domanda secca alla quale mi è stato risposto con tutt'altro (come mi è già capitato).
Credo semplicemente che dallolio_gm abbia fatto una precisazione, ma per chiarirti meglio quello che hai fatto, non per confonderti (cioè: Blast non crea alberi, ma fa allineamenti), e ha detto che dovresti indicare quale database hai usato quando hai eseguito blast (questo ti servirà scriverlo se vuoi che, chi leggerà il lavoro, possa riprodurre i tuoi dati), e che genere algoritmo hai usato per generare l'albero (come hai indicato neighbour joining).
Sicuramente non ha fatto un intervento fuori tema, anzi...
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Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2010 : 18:15:24
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Scusami tu hai chiesto:
Citazione:
cos'altro posso descrivere in questi alberi???
e ti è stato risposto
Citazione:
Se vuoi descrivere meglio questi risultati, devi indicare: etc etc
Non mi sembra per nulla una risposta fuori tema.
Inoltre dallolio ha corretto degli errori nella descrizione che tu hai fatto (come giustamente ha detto domi BLAST NON genera dendrogrammi), quindi dovresti più che altro ringraziarlo.
Questo è lo spirito di un forum. Discutere, non lamentarsi.
Ad ogni modo ti invito a leggere il regolamento del forum che dice:
Citazione:
5) Nessuno è MAI obbligato a rispondere a nessun messaggio. Se lo fa è per sua pura gioia e gaudio.
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james85
Nuovo Arrivato
Città: Ancona
32 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2010 : 22:25:36
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Questo è lo spirito di un forum. Discutere, non lamentarsi.
Ad ogni modo ti invito a leggere il regolamento del forum che dice:
Citazione:
5) Nessuno è MAI obbligato a rispondere a nessun messaggio. Se lo fa è per sua pura gioia e gaudio.
il mio è stato un semplice sfogo dal momento in cui non sono rimasto soddisfatto dalla risposta, non ho di certo insultato o altro, la mia era una semplice considerazione sul modo di rispondere! Per il resto io di certo non ho nessuna intenzione di violare l'articolo 5!
ma si potrà esprimere almeno un'opinione sulla risposta? Ho fatto semplicemente questo. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2010 : 23:34:01
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Certo che puoi dare la tua opinione, ma sinceramente non riesco a comprendere 1) il motivo per cui non sei soddisfatto che qualcuno abbia usato del tempo per rispondere alla tua domanda e 2) per quale motivo, se non eri soddisfatto, non glielo hai fatto notare in un modo più gentile.
Es: grazie della risposta, ma non era quello che volevo sapere. Quello che vorrei capire è: etc etc etc
Non sarebbe stato meglio?
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james85
Nuovo Arrivato
Città: Ancona
32 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2010 : 23:51:37
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non sono rimasto soddisfatto xkè dal mio punto di vista la mia domanda era chiara e la risposta un po' meno. Per il gentile non avevo tempo per farlo dato che mi serviva per un esame. Ho preferito seguire altre strade.
ciao |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 10 marzo 2010 : 09:59:10
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Abbi pazienza, la prima cosa da descrivere sui risultati di un programma o una analisi bioinformatica é dire quali algoritmi e quale versione dei dati sono stati utilizzati, altrimenti, il tuo esperimento non é riproducibile.
Per farti un esempio, io ho lavorato per piú di sei mesi su una lista di geni coinvolti nello stesso pathway biologico, e nell'ultima release di ensembl pubblicata una settimana fa mi sono reso conto che uno di questi geni é stato cancellato, uin quanto considerato pseudogene.
Se tu chiedi genericamente 'cosa posso dire per descrivere questi risultati ottenuti tramite un programma' , qualsiasi buon bioinformatico ti risponderá di descrivere innanzittutto i parametri utilizzati. E' come se tu dovessi descrivere un western blot o il risultato di un esperimento di laboratorio: la prima cosa di cui parlare sono i controlli fatti e descrivere la scala di valori di riferimento. |
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albero delle 
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