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MB
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 Inserito il - 30 luglio 2012 : 18:20:14
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Ciao ragazzi,
chiedo il vostro aiuto perchè di predizione di struttura ne so veramente poco.
Avrei bisogno di sapere la distanza tra 2 residui appartenenti ad un peptide (non lineare, ma circolare legato alle estremità da un gruppo a ponte) che devo sintetizzare. Questo perchè ho bisogno che alcuni residui stiano entro certe distanze, quindi devo progettare la molecola in tal senso.
In laboratorio ho ChemOffice ed ho disegnato il mio peptide su chemdraw. Molto da principiante poi sono passato su ChemBio3D ed ho fatto un energy minimization usando il force field MM2 tanto per provare (parametri default).
Una volta fatto questo ho misurato le distanze.
La procedura però è parecchio dubbia, non ho riferimenti sull'attendibilità del modello.. potete aiutarmi?
Grazie!!
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kORdA
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Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
Inserito il - 31 luglio 2012 : 09:18:42
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La procedura mi sembra corretta, anche se non ho idea di quanto sia grosso il tuo peptide, nè di come sia legato...
Per validare il tuo modello potresti ricorrere agli strumenti tradizionali del modelling, ovvero usare tools come ProSa http://www.came.sbg.ac.at/prosa.php o ProCheck http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/PROCHECK/ per validare la struttura. Addirittura ho scoperto che PDBSum ti permette di creare una pagina custom sul tuo PDB.
Per approcci più pignoli io successivamente ricorrerei a...
A) se si tratta di un oligopeptide, alla quantomeccanica invece della minimizzazione
B) una dinamica molecolare in solvente esplicito |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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MB
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58 Messaggi |
Inserito il - 08 ottobre 2012 : 11:23:56
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Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
La procedura mi sembra corretta, anche se non ho idea di quanto sia grosso il tuo peptide, nè di come sia legato...
al massimo 20AA
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Messaggio inserito da kORdA
Per validare il tuo modello potresti ricorrere agli strumenti tradizionali del modelling, ovvero usare tools come ProSa http://www.came.sbg.ac.at/prosa.php o ProCheck http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/PROCHECK/ per validare la struttura. Addirittura ho scoperto che PDBSum ti permette di creare una pagina custom sul tuo PDB.
grazie link molto utili
Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
Per approcci più pignoli io successivamente ricorrerei a...
A) se si tratta di un oligopeptide, alla quantomeccanica invece della minimizzazione
B) una dinamica molecolare in solvente esplicito
Ho riletto i tuoi consigli perchè devo fare una cosa simile con peptidi sempre di 10-20AA. Dici che con queste lunghezze posso avere un idea della struttura attraverso la minimizzazione senza ricorrere a programmi tipo ROBETTA o I-Tesser?
Considera che sul pc per la minimizzazione posso usare swiss pdb viewer. Hai server o software da indicarmi con campi di forza più recenti?
E Per la quanto meccanica?
Grazie ancora |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
Inserito il - 08 ottobre 2012 : 12:24:07
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Io al momento lascerei perdere la quantomeccanica.
Mi butterei invece su una simulazione di dinamica molecolare. GROMACS come software è liberamente accessibile. Non è immediatissimo da usare, però i tutorial che trovi sul loro sito mi sembrano fatti bene.
La minimizzazione del tuo modello, con i relativi tool sopracitati, ti dice solo se il tuo peptide è fattibile. Però non sai se ti stai trovando in una conformazione stabile. Una simulazione di dinamica molecolare ti potrebbe dire come si evolve nel tempo il tuo peptide, come viene esplorato lo spazio conformazionale, se ci sono dei movimenti coordinati e molto altro ancora.
Tutto questo richiede risorse di calcolo, però su un peptide di 10-20aa non credo ci siano richieste eccessive. |
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MB
Nuovo Arrivato
58 Messaggi |
Inserito il - 08 ottobre 2012 : 15:43:08
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Citazione:
Messaggio inserito da kORdA
Tutto questo richiede risorse di calcolo, però su un peptide di 10-20aa non credo ci siano richieste eccessive.
Esatto, non lo farei mai per cose più grandi ma forse così è ancora possibile calcolare tutte le possibilità e la relativa energia.
GROMACS è solo command line vero?
Qualcosa che mi faccia vedere in tempo reale il modello che si avvolge?
Grazie |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 08 ottobre 2012 : 16:05:59
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Si, GROMACS è a linea di comando...
Però una volta prodotte le traiettorie puoi esportare gli snapshot in formato PDB, vedere l'intera simulazione con VMD, vedere i grafici delle analisi con GRACE e via dicendo. |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 08 ottobre 2012 : 16:13:04
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| P.S. se devi indagare cinetiche di folding però ti serviranno simulazioni moooolto lunghe e non so onestamente se il gioco vale la candela per uno studio preliminare... |
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