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nyo84
Utente Junior


Prov.: Brescia
Città: Piancogno


239 Messaggi
Inserito il - 31 marzo 2009 : 16:48:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di nyo84 Invia a nyo84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao!io dovrei misurare la lunghezza e la larghezza di neuriti da fotografie fatte al microscopio usando imageJ..qualcuno di voi sa come si fa?
Fai attenzione quando leggi libri di medicina..potresti morire per un
errore di stampa...

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 31 marzo 2009 : 17:05:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sono un po' di fretta ora, ma ti faccio già un paio di domande...
1) lo vuoi fare a mano o hai bisogno di un tracer automatico dei dendriti?
2) hai degli z-stack presi al confocale?
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nyo84
Utente Junior


Prov.: Brescia
Città: Piancogno


239 Messaggi
Inserito il - 01 aprile 2009 : 12:46:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di nyo84 Invia a nyo84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
no,sono immagini prese al microscopio normale..mi va bene farlo anche a mano...
Fai attenzione quando leggi libri di medicina..potresti morire per un
errore di stampa...
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 01 aprile 2009 : 22:28:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ok, allora innanzitutto ti do un piccolo warning:

il motivo per cui ti ho chiesto se avevi uno z-stack è che se prendi solo un'immagine dall'alto non avrai una misura corretta dei neuriti, a meno che tu non stia lavorando su cellule in coltura che crescono adese. Se usi cellule in una matrice (es. matrigel) oppure fettine di tessuto allora la misura ottenuta solo con un'immagine non sarà corretta.

Fatta questa precisazione ti faccio un esempio di come fare una misura con ImageJ.

1) devi avere una scala, cioè devi sapere a quanti um corrisponde un pixel. Dal menu Analyze scegli Set Scale... e inserisci il numero di pixel e la distanza a cui corrispondono.
2) scegli il tool linea dalla toolbar (è il quinto bottone). Normalmente il tool fa delle linee dritte, ma a te servirà una spezzata, poichè il neurita non sarà dritto. Fai click con il tasto dx sul bottone e puoi scegliere "Segmented line".
3) disegna una linea che segue il neurita (click con il tasto sx per aggiungere un nuovo punto, tasto dx per settare l'ultimo punto)
4) scegli Analyze->measure (o CTRL+M) e leggi la lunghezza!

NOTA: se tra le misure non è presente la lunghezza la devi abilitare dal menu: Analyze->Set Measurements e scegli "Perimeter"

------

Se volessi un tracer automatico puoi provare il plugin "Simple Neurite Tracer" per ImageJ
http://homepages.inf.ed.ac.uk/s9808248/imagej/tracer/

oppure l'interessante software NeuronStudio:
http://www.mssm.edu/cnic/tools-ns.html
(leggi anche questo: Automated Three-Dimensional Detection and Shape Classification of Dendritic Spines from Fluorescence Microscopy Images
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