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salji
Nuovo Arrivato
35 Messaggi |
 Inserito il - 11 giugno 2005 : 12:17:03
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Chiedo aiuto...... sul materiale a mia disposizione nn si capisce molto di matrici pam e blosum.. non capisco cosa siano tutti quei valori all'interno della matrice... aiutatemi!!!
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anke i grandi sono stati dei bambini ma nn se lo ricordano |
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sruilk
Nuovo Arrivato
Città: Ferrara
14 Messaggi |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
 Inserito il - 15 giugno 2005 : 10:52:00
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Ciao!
io ho delle diapositive di 1 lezione che ho seguito.....però nn so come mandartele.... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 giugno 2005 : 19:31:19
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(Ufffffffff........)
Hai capito la differenza tra similitudine e identità? Nel primo caso, si attribuisce un punteggio anche quando i due aminoacidi sono diversi.
Il problema all'inizio era decidere come attribuire questi punteggi. Ad esempio, si era pensat di dividere gli aa in gruppi in base alle loro cratteristiche fisico-chimiche (es. tutti gli aminoacidi idrofoici) in modo da poter dire che una mutaz. tra 2 aa dello stesso gruppo è meno pesante rispetto ad una fra gruppi diversi.
Un approccio migliore però è quello di imparare dalle proteine stesse: ad esempio nelle matrici di Blosum, gli autori hanno preso un certo numero di sequenze con una certa percentuale di identità (ad es., 80) e hanno visto in ognuno d questi gruppi quale è la freq. di sost. per ogni aminoacido.
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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