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Discussione

tore1984
Nuovo Arrivato

Prov.: Napoli
Citt�: Giugliano in Campania

13 Messaggi

Inserito il - 01 luglio 2013 : 22:22:06

Ciao ragazzi,

ho gi� provato a cercare nel forum ma non sono riuscito a trovare nulla. Per spiegarmi io ho i dati grezzi di un microarray (i file .cel per spiegarmi) e vorrei sapere se ci sono software e quali siano per analizzare questi dati e capire cos'� successo. Se pu� aiutarvi vi posso dire che si tratta di un confronto trattato vs non trattato. Grazie mille

stefanken
Nuovo Arrivato

39 Messaggi

Inserito il - 29 agosto 2013 : 15:28:11

Ciao,
i dati grezzi vanno preprocessati. a giudicare dal tipo di file a cui ti riferisci immagino si tratti di Array Affy. Se cos� fosse puoi utilizzare Affymetrix Power Tools (scaricabile gratuitamente sul sito Affymetrix). Tipicamente ti servir� il comando apt-probeset-summarize che estrae le intensit� dai dati grezzi preprocessando tramite l'algoritmo che preferisci (di default RMA). Una volta ottenuta la tua matrice di valori di espressione (una tabella testuale) puoi analizzarla con software quali MeV, BRB (che funziona con excel) oppure usando appropriati pacchetti della suite bioconductor per R.
Ad ogni modo trovi moltissima documentazione su internet.
Saluti
Stefano