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bluevil
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
 Inserito il - 24 novembre 2006 : 16:27:23
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Ciao a tutti, avrei una curiosità:
quali software per la predizione delle strutture secondaria e terziaria delle proteine utilizzate più di frequente? Io sto utilizzando Modeller e sembra fungere abbastanza bene quindi vi volevo chiedere se qualcuno avesse altre alternative valide a questo algoritmo.
ciao
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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
Inserito il - 06 dicembre 2006 : 16:33:30
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ciao,
per la pred di truttura terziaria, SWISS-MODEL e ESyPred3D. Quest'ultimo non ha la soglia di identità per cui in alcuni casi (ovviamente se esiste almeno un modello) riesci ad ottenere una predizione anche con % di identità piuttosto basse. Sta a te valutare l'attendibilità. Considera però che ho trovato lavori pubblicati su PNAS in cui la % di identità è <20 %
Ciao
lele |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 06 dicembre 2006 : 16:46:09
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Ciao,
per quanto riguarda la struttura secondaria ci sono vari strumenti reperibili in rete nel server EXPASY:
I metodi usati sono tre e si basano sulle informazione raccolte dalle proteine la cui struttura terziaria è già risolta.
Statistico di Chou e Fasman: i 20 a.a. mostrano preferenze significative per particolari strutture secondarie (A,R,Q,E,M,L,K eliche) (C,I,F,T,W,Y,V foglietti) GOR attendibilità del 56%
Stereochimico di Lim: tiene conto delle proprietà idrofobiche, idrofiliche ed elettrostatiche considerando il loro ruolo nel folding (alternanza di idrofilici e idrofobici, foglietti) utile per predire eliche anfipatiche e transmembrana. SOSUI, TMPRED, ecc. circa 60% attendibilità
Neural Network: tiene conto di entrambe le precedenti e del processo evolutivo a partire dall’allineamento multiplo. PHD o PsiPRED accuratezza 80%. |
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bluevil
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 24 dicembre 2006 : 16:50:02
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ciao ancora,
ho una domanda per voi:
ho provato a sottoporre il modelling della mia proteina mutata a Swiss-Model e mi è stato recapitato un file .pdb in mail, esattamente come volevo! Il problema è che la proteina che ottengo è molto più piccola di quella che ho sottoposto per il modelling!
ringrazio in anticipo chiunque vorrà illuminare la mia ignoranza! |
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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
Inserito il - 29 dicembre 2006 : 19:36:57
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ciao
con ogni probabilità perchè la similarità tra la tua query e il/i modello/i è sufficientemente alta solo per la regione che ti viene predetta. In altre parole nelle regioni dove la similarità query-modello è troppo bassa la predizione non viene fatta, o se vuoi il modello non viene trovato.
Prova con ESyPred3D, secondo la mia esperienza azzarda alcune previsioni dove Swiss-Model ritiene che non ci siano i presupposti per farlo. Se vuoi spingerti oltre prova con programmi che si basano su altri metodi: threading e predizione ab initio. dallolio ti sa sicuramente illuminare su quali siano i migliori sw. Considera però che l'attendibilità dei risultati varia in funzione dei metodi e dei sw usati.
Ciao |
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