come stabilire un cut-off di espressione del gene

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biocandy
Utente Junior

370 Messaggi

Inserito il - 28 settembre 2015 : 16:22:06

Ciao a tutti! Ho eseguito delle qPCR per analizzare l'espressione di un gene in una cohort di 50 pazienti. Per l'analisi dei dati ho usato il metodo di Livak in quanto avevo inserito nel mio esperimento un calibrator sample e un reference gene. Adesso che ho i valori di relative expression come faccio a stabilire un cut-off oltre il quale posso considerare il mio gene overespresso? non posso settare un valore arbitrario...qualcuno ha voglia di darmi un suggerimento? Grazie in anticipo!

biocandy
Utente Junior

370 Messaggi

Inserito il - 29 settembre 2015 : 13:55:54

Allora, vi posto un ragionamento per vedere se pu� essere corretto.
Io ho una serie di dati di espressione del trascritto, e voglio identificare in questa serie di dati una soglia al di sotto della quale il gene � "meno espresso" e al di sopra della quale il gene � "pi� espresso".
Un'opzione credo potrebbe essere quella di usare la mediana della mia serie di dati.
Un'altra opzione, dal momento che io conosco l'outcome di ciascun caso, � fare una curva ROC e identificare il cut off. In questo caso il mio dubbio �: se utilizzo i dati dell'outcome per identificare un cut off e poi, in base ai dati d'espressione e all'outcome stesso traccio una curva di sopravvivenza, la mia analisi non sar� biased dal fatto che l'outcome � stato preso in considerazione sin dall'inizio per identificare il valore cut off dell'espressione del gene?

Grazie a chi vorr� fare un p� di luce in questo caos!!!

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